L'établissement du monastère remonte à la fin du XVIe siècle, bien que la date exacte soit inconnue. À l'origine, il existait comme une communauté féminine rattachée à l'église paroissiale de la Nativité du Christ et était mentionné dans les sources comme le monastère de la Nativité ou de Jean-Baptiste. L'église en bois de la Nativité et le temple en brique construit plus tard n'ont pas survécu. Le monastère ne possédait pas de terres et vivait modestement grâce aux subventions de l'État et aux dons. La ville de Sviyazhsk et les bâtiments monastiques ont souffert à plusieurs reprises d'incendies. Après l'incendie de 1795, qui a détruit les bâtiments monastiques, on lui a transféré des constructions vacantes de l'ancien monastère masculin. Cela a marqué le début d'une nouvelle étape dans son histoire, lorsque la communauté a prospéré grâce à un soutien gouvernemental significatif. De nouveaux bâtiments en brique pour les activités et le logement ont été construits au monastère. En 1796, une chapelle dédiée à Jean-Baptiste et un clocher ont été ajoutés à l'église de Sergius.

De 1898 à 1906, l'architecte F. N. Malinovski a construit dans le style néo-byzantin une grande cathédrale au nom de l'icône de la Mère de Dieu "Réconfort de tous les affligés". Chaque année, à partir de la semaine de Thomas, cette icône était portée en procession à travers les villes et villages du diocèse de Kazan. Le bâtiment élevé de la cathédrale, situé sur une colline, est devenu le point focal architectural de la ville. Au début du XXe siècle, le monastère comptait jusqu'à 400 moniales et novices, ce qui en faisait le deuxième plus grand monastère féminin du diocèse après le monastère de la Mère de Dieu de Kazan.

Le monastère a été fermé en 1919. À l'époque soviétique, tous les temples ont été transférés à la gestion du musée d'histoire et d'architecture de Sviyazhsk. L'ancien iconostase de l'église en bois de la Trinité a été remis au Musée d'art de la République du Tatarstan. L'église elle-même a été restaurée en 1959. L'intérieur de la grande cathédrale a été préservé. Le bâtiment de l'église de Sergius a été étudié par des historiens de l'art de Kazan, tels que G. P. Rylova, V. V. Malkovskaïa et S. S. Aïdarov.

Actuellement, deux des trois églises, à l'exception de l'église de la Trinité, ont été transférées au monastère de l'Assomption.

L'ensemble architectural du monastère a été assez bien préservé. Il comprend à la fois des structures restantes du monastère de la Trinité-Sergius et des constructions des XIXe et début XXe siècles.

Le plus ancien temple non seulement du monastère, mais aussi de toute la région de la Volga moyenne et inférieure, l'église en bois de la Trinité de 1551, est le seul monument restant de l'ancien Sviyazhsk en bois. Elle a une valeur culturelle et historique unique en tant qu'un des plus anciens temples en bois de Russie. Cependant, son apparence a été partiellement modifiée au cours des reconstructions du XIXe siècle : le temple a cessé d'être en forme de tente, a reçu un nouveau toit en fer et un dôme, ainsi qu'un revêtement en tuiles. L'intérieur a été fortement modifié à l'époque soviétique, les icônes des XVIe et XVIIe siècles ont été emportées, mais la structure de l'iconostase sculpté a été préservée.

Le deuxième temple du monastère, en pierre, est dédié à saint Serge de Radonège et date de 1604. C'est une église à un dôme avec un clocher bas ajouté un peu plus tard. À l'intérieur, elle représente un type rare de temple à une colonne. Sur le porche couvert, à droite de l'entrée, se trouve un grand sujet de fresque "La Sainte Trinité" représentant les saints Serge de Radonège et Alexandre de Svir. La fresque est contemporaine du temple et suscite un grand intérêt chez les historiens de l'art, étant une copie exacte mais agrandie de la "Trinité" d'Andreï Roublev.

Le troisième temple, la cathédrale au nom de l'icône de la Mère de Dieu "Réconfort de tous les affligés". C'est le plus grand et le plus récent bâtiment de Sviyazhsk, un édifice monumental à plusieurs dômes dans le style russo-byzantin.

La tour-chapelle de 1901, actuellement consacrée aux saints martyrs royaux, ainsi qu'un certain nombre de bâtiments résidentiels et utilitaires du monastère des années 1820, 30 et 1890, ont également été préservés.