Avant la révolution, sur le site de Vologda, en plus de l'église de Tous les Saints, se trouvaient deux autres églises : en l'honneur de la Décollation de Saint Jean-Baptiste et au nom de Siméon le Juste, construites à la fin du XVIIIe siècle. L'église de Tous les Saints a été érigée grâce aux fonds de plusieurs familles de marchands et réalisée dans le style du néoclassicisme tardif, caractéristique de la première moitié du XIXe siècle. Le clocher a été créé d'après le modèle du clocher du monastère de Solovetsky. Cependant, des ajouts tardifs ont perturbé l'harmonie architecturale initiale.

Pendant la période soviétique, l'église de Tous les Saints a été fermée et utilisée comme entrepôt. Avant la Grande Guerre patriotique, un point de transit y était situé, mentionné dans le livre d'A. I. Soljenitsyne « L'Archipel du Goulag ». Il y est décrit un cas tragique où, sous le poids des prisonniers, des lits à huit niveaux se sont effondrés, entraînant la mort de nombreuses personnes, enterrées au cimetière de Vologda.

Après la guerre, en 1946, l'église de Tous les Saints a été restituée aux croyants et n'a plus été fermée. Le premier prêtre après la restauration fut l'igoumène Séraphim (Shinkarev), qui a dirigé le conseil paroissial et supervisé la reconstruction. D'ici le 1er novembre 1946, des travaux de restauration initiaux ont été réalisés : un autel et un autel ont été installés, des ouvertures et des cadres de fenêtres ont été réalisés, un iconostase temporaire a été mis en place, des poêles ont été construits et des icônes ont été accrochées. Des icônes vénérées de la Mère de Dieu de Tikhvin, de la Joie de Tous les Affligés et de Saint Nicolas le Merveilleux, qui se trouvent encore dans l'église aujourd'hui, ont été ramenées de la cathédrale d'Ilinsk. L'iconostase était initialement composée de petites icônes offertes par les habitants d'Arkhangelsk, et elles sont toujours ici. Le clocher a été restauré dans son apparence originale en 2008.

Une école du dimanche pour les enfants des paroissiens fonctionne à l'église de Tous les Saints, où ils étudient la Loi de Dieu et préparent des concerts de fête. En 2008, un bâtiment séparé a été construit pour l'école.