Antes de la revolución, en el cementerio de Vologda, además de la iglesia de Todos los Santos, había otros dos templos: uno en honor a la decapitación de San Juan Bautista y otro en nombre de Simeón el Justo, construidos a finales del siglo XVIII. La iglesia de Todos los Santos fue erigida con los fondos de varias familias de comerciantes y está realizada en el estilo del clasicismo tardío, característico de la primera mitad del siglo XIX. La campanario fue creado a imagen de la torre del monasterio de Solovetsky. Sin embargo, las adiciones posteriores alteraron la armonía arquitectónica original.

Durante el período soviético, la iglesia de Todos los Santos fue cerrada y utilizada como almacén. Antes de la Gran Guerra Patria, aquí había un punto de tránsito mencionado en el libro de A. I. Solzhenitsyn "Archipiélago Gulag". En él se describe un trágico incidente, cuando bajo el peso de los prisioneros colapsaron las literas de ocho niveles, lo que llevó a la muerte de muchas personas, enterradas en el cementerio de Vologda.

Después de la guerra, en 1946, la iglesia de Todos los Santos fue devuelta a los creyentes y no volvió a cerrarse. El primer sacerdote después de la restauración fue el igumen Serafim (Shinkarev), quien encabezó el consejo parroquial y dirigió la reconstrucción. Para el 1 de noviembre de 1946 se realizaron trabajos de restauración inicial: se instalaron el altar y el sacrificatorio, se hicieron los vanos y marcos de las ventanas, se colocó un iconostasio temporal, se construyeron estufas y se colgaron íconos. Desde la catedral de Ilyinsky se devolvieron los venerados íconos de la Madre de Dios de Tikhvin, de Todos los que sufren, y la imagen de San Nicolás el Milagroso, que se encuentran en la iglesia hasta hoy. El iconostasio consistía originalmente en pequeños íconos donados por los habitantes de Arkhangelsk, y todavía están aquí. El campanario fue restaurado en su forma original en 2008.

En la iglesia de Todos los Santos funciona una escuela dominical para los niños de los feligreses, donde estudian la Ley de Dios y preparan conciertos festivos. En 2008 se construyó un edificio separado para la escuela.