Vor der Revolution gab es auf dem Wologda-Gelände neben der Kirche Allerheiligen noch zwei weitere Kirchen: zu Ehren der Enthauptung des Johannes des Täufers und im Namen des Simeon des Gottgeweihten, die Ende des 18. Jahrhunderts erbaut wurden. Die Allerheiligenskirche wurde mit Mitteln mehrerer Kaufmannsfamilien errichtet und im Stil des späten Klassizismus gestaltet, der für die erste Hälfte des 19. Jahrhunderts charakteristisch ist. Der Glockenturm wurde nach dem Vorbild des Glockenturms des Solowezki-Klosters geschaffen. Spätere Anbauten störten jedoch die ursprüngliche architektonische Harmonie.

In der sowjetischen Zeit wurde die Kirche Allerheiligen geschlossen und als Lager genutzt. Vor dem Großen Vaterländischen Krieg befand sich hier ein Umschlagpunkt, der in dem Buch von A. I. Solschenizyn "Archipel Gulag" erwähnt wird. Darin wird ein tragischer Vorfall beschrieben, bei dem unter dem Gewicht der Gefangenen die achtstöckigen Liegen einstürzten, was zur Tötung vieler Menschen führte, die auf dem Wologda-Friedhof beerdigt wurden.

Nach dem Krieg, im Jahr 1946, wurde die Kirche Allerheiligen den Gläubigen zurückgegeben und nicht mehr geschlossen. Der erste Priester nach der Wiederherstellung war der Mönch Serafim (Schinkarev), der den Gemeinderat leitete und die Rekonstruktion beaufsichtigte. Bis zum 1. November 1946 wurden erste Restaurierungsarbeiten durchgeführt: der Altar und der Opferaltar wurden installiert, Fensteröffnungen und -rahmen geschaffen, ein vorübergehender Ikonostase aufgestellt, Öfen gebaut und Ikonen aufgehängt. Aus der Iljinski-Kathedrale wurden die verehrten Ikonen der Gottesmutter von Tichwin, der Freude aller Trauernden und das Bild des heiligen Nikolaus des Wundertäters zurückgebracht, die sich bis heute in der Kirche befinden. Der Ikonostase bestand ursprünglich aus kleinen Ikonen, die von den Bewohnern von Archangelsk gespendet wurden, und sie sind immer noch hier. Der Glockenturm wurde 2008 in seiner ursprünglichen Form wiederhergestellt.

An der Kirche Allerheiligen gibt es eine Sonntagsschule für die Kinder der Gemeindemitglieder, in der sie das Gesetz Gottes lernen und festliche Konzerte vorbereiten. Im Jahr 2008 wurde für die Schule ein separates Gebäude errichtet.