Dans les années 20 du XVIe siècle, l'archevêque Macaire a introduit un règlement communautaire dans les monastères novgorodiens, ce qui a conduit à la construction de réfectoires dans plusieurs établissements. En 1557, au monastère de la Sainte Trinité, sur commande de l'igoumène Ion, un réfectoire en pierre avec l'église de la Sainte Trinité a été érigé.

À l'origine, l'église de la Trinité avait probablement une chapelle de Nicolas le Miracleux, mentionnée dans l'inventaire de 1591. Dans les documents de 1582 et 1686, cette chapelle est à tort nommée église séparée, mais il est inconnu quand elle a été supprimée. Au premier étage du réfectoire se trouvaient la cuisine, la boulangerie et deux caves à kvass, tandis qu'au deuxième étage, le réfectoire et la sacristie. Le bâtiment a été gravement endommagé pendant l'occupation suédoise en 1611 et 1617, ainsi que par un incendie en 1685.

En 1812, au dernier étage du réfectoire, une chapelle de l'icône de Tikhvin de la Mère de Dieu a été ajoutée, et en 1821, une sacristie a été aménagée dans la partie nord-est de cet étage. L'archevêque Macaire a décrit en 1860 que le réfectoire était attenant à un ancien bâtiment à deux étages pour les sœurs du côté ouest.

Au XIXe siècle, à une date exacte inconnue, le réfectoire et l'église ont été partiellement reconstruits : le pilier central et les voûtes du dernier étage ont été démontés, un plafond plat a été réalisé au-dessus de la salle du réfectoire, et certaines ouvertures de fenêtres ont été modifiées. La finition de l'église a été refaite en toit à quatre pentes. Il est probable que les travaux aient été réalisés dans les années 20 du XIXe siècle, car en 1822, Alexandre Ier a alloué 10 000 roubles pour la réparation des églises monastiques. En 1910, au sud de l'église de la Trinité, un nouveau réfectoire en pierre de plain-pied a été construit avec les églises de Vladimir, de Michel de Tver et de la martyre Natalia.

L'église de la Sainte Trinité appartient au type des églises sans piliers, à cinq coupoles et à trois absides, avec un sous-église et un sous-sol. Le sous-sol se compose d'une seule pièce rectangulaire, divisée par une cloison tardive avec une ouverture. La pièce est couverte d'une voûte en berceau avec des arcs. Dans le mur occidental, deux escaliers en pierre sont situés. Le volume principal de l'église est conçu de manière non traditionnelle : les arcs de soutien sur les pendentifs soutiennent le tambour central avec une voûte sphérique peu élevée. Les façades sont ornées d'un décor élégant avec des arcs et des niches à finition en forme de proue. L'église est construite en pierre calcaire avec un revêtement en brique sur un mortier de chaux. Le toit de l'église est en bardeaux, les absides et les coupoles du tambour sont recouvertes de tuiles en forme de losange, et le réfectoire a un toit à deux pentes.

L'église de la Sainte Trinité est un exemple artistique de haut niveau du milieu du XVIe siècle, possédant un certain nombre de caractéristiques compositionnelles, constructives et décoratives uniques, ainsi que des proportions harmonieuses. Elle a été gravement endommagée pendant la Seconde Guerre mondiale, mais a été restaurée en 1963 selon le projet de l'architecte T. V. Gladensko.