En las décadas de 1520, el arzobispo Macario introdujo la regla de vida comunitaria en los monasterios novgorodenses, lo que llevó a la construcción de comedores en varias comunidades. En 1557, en el monasterio de la Trinidad, por encargo del igumen Iona, se levantó un comedor de piedra con la iglesia de la Trinidad.

Inicialmente, la iglesia de la Trinidad probablemente tenía una capilla de San Nicolás, mencionada en el inventario de 1591. En los documentos de 1582 y 1686, esta capilla fue erróneamente nombrada como una iglesia separada, pero no se sabe cuándo fue abolida. En el primer piso del comedor había una cocina, una panadería y dos sótanos para kvass, y en el segundo, el comedor y la sacristía. El edificio sufrió graves daños durante la ocupación sueca en 1611 y 1617, así como por un incendio en 1685.

En 1812, en el piso superior del comedor apareció una capilla de la icono de la Madre de Dios de Tikhvin, y en 1821 se organizó una sacristía en la parte noreste de este piso. El arzobispo Macario describió en 1860 que al comedor se adosaba, por el lado oeste, un antiguo edificio de dos pisos para las hermanas.

En el siglo XIX, en un momento que no se conoce con precisión, el comedor y la iglesia fueron parcialmente reconstruidos: se desmontó el pilar central y los arcos del piso superior, se hizo un techo plano sobre el salón del comedor, y se modificaron algunos vanos de las ventanas. La terminación de la iglesia se transformó en un techo a cuatro aguas. Probablemente, los trabajos se realizaron en la década de 1820, ya que en 1822 Alejandro I asignó 10,000 rublos para la reparación de las iglesias del monasterio. En 1910, al sur de la iglesia de la Trinidad, se construyó un nuevo comedor de piedra de un piso con la iglesia de Vladimir, Miguel de Tver y la mártir Natalia.

La iglesia de la Trinidad pertenece al tipo de templos sin columnas, de cinco cúpulas y tres ábsides, con un subtemplo y un sótano. El sótano consiste en una sola sala rectangular, dividida por una partición tardía con un vano. La sala está cubierta con una bóveda de cañón con arcos. En la pared occidental hay dos escaleras de piedra. El volumen principal de la iglesia está resuelto de manera no tradicional: los arcos de soporte en los pechinas sostienen el tambor central con una bóveda esférica baja. Las fachadas están decoradas con un elegante decorado con arcos y nichos con remates en forma de quilla. La iglesia está construida de losa de piedra caliza con revestimiento de ladrillo en mortero de cal. La cubierta de la iglesia es de tablones, los ábsides y las cúpulas del tambor están cubiertos con tejas de escamas, el comedor tiene un techo a dos aguas.

La iglesia de la Trinidad es un ejemplo artístico de alto nivel de mediados del siglo XVI, poseyendo una serie de características compositivas, constructivas y decorativas únicas, así como proporciones elegantes. Sufrió gravemente durante la Segunda Guerra Mundial, pero fue restaurada en 1963 según el proyecto del arquitecto T. V. Gladenco.