L'église se trouve à l'emplacement de l'ancien monastère masculin de la Trinité, fondé sous Boris Godounov. À l'origine, l'église de la Trinité était en bois. En 1742, un bâtiment en pierre à deux étages a été construit, qui a ensuite été remodelé plusieurs fois. L'église inférieure est devenue l'église d'hiver, tandis qu'au deuxième étage se trouve l'église d'été dans un espace plus vaste et lumineux.

L'église de la Trinité Vivifiante est l'une des plus anciennes églises de Koursk. En 1940, pendant la période soviétique, l'église a été fermée, et au début de la Grande Guerre patriotique, le clocher a été démonté, à la place duquel un poste de défense aérienne a été installé. Pendant l'occupation allemande, l'église a de nouveau été ouverte aux services religieux.

L'église a fonctionné jusqu'en 1961. En 1989, le bâtiment a été rénové et un planétarium y a été installé. Le premier étage a été restitué à l'évêché en 1992, et le deuxième en 1995. Actuellement, l'église abrite les autels de la Sainte Trinité, du vénérable Ambroise d'Optina, des princes vénérables Boris et Gleb dans l'église inférieure, ainsi que l'autel du Saint-Esprit et de saint Nicolas le Miracle-Faire dans l'église supérieure.

De 2015 à 2018, des travaux de restauration ont été réalisés, comprenant la mise à jour des façades, des fondations, des coupoles, des toits en forme de courbe radiale et de pente, ainsi que des auvents.