La iglesia se encuentra en el lugar del antiguo monasterio masculino de la Trinidad, fundado durante el reinado de Boris Godunov. Originalmente, la iglesia de la Trinidad era de madera. En 1742 se construyó un edificio de piedra de dos pisos, que luego fue remodelado varias veces. La iglesia inferior se convirtió en la iglesia de invierno, mientras que en el segundo piso se ubicó la iglesia de verano en un espacio más amplio y luminoso.

La iglesia de la Trinidad Vivificante es una de las iglesias más antiguas de Kursk. En 1940, durante el período del poder soviético, la iglesia fue cerrada, y al inicio de la Gran Guerra Patria se retiró el campanario, en su lugar se instaló un puesto de defensa aérea. Durante la ocupación alemana, la iglesia fue reabierta para servicios religiosos.

La iglesia funcionó hasta 1961. En 1989, el edificio fue renovado y se convirtió en un planetario. La diócesis recuperó el primer piso en 1992, y el segundo, en 1995. Actualmente, en la iglesia se encuentran los altares de la Santísima Trinidad, del venerable Ambrosio de Optina, de los príncipes Boris y Gleb en la iglesia inferior, así como el altar del Espíritu Santo y del santo Nicolás el Milagroso en la iglesia superior.

Desde 2015 hasta 2018 se llevaron a cabo trabajos de restauración, que incluyeron la renovación de las fachadas, los cimientos, las cúpulas, los techos radiales y curvos, así como los aleros.