En 1779, sur le territoire du cimetière de la Protection, une église en bois a été construite sur ordre du gouverneur général de Livonie, J. J. Braun. Deux ans auparavant, en 1777, une petite chapelle en bois existait derrière les portes de Ragul, à l'emplacement d'un ancien cimetière militaire. L'arrêté n° 3985 de la Consistoire spirituelle de Pskov du 6 novembre 1779 ordonnait de commencer la construction d'une église, nommée en l'honneur de la Protection de la Sainte Vierge. La chapelle a été transformée en église, et les icônes, l'autel et le chœur ont été pris de l'église de campagne du régiment d'infanterie de Pskov, qui avait quitté son lieu de stationnement près de Riga. À partir du 4 décembre 1779, des services religieux ont commencé dans l'église après la remise de l'antimins par la Consistoire spirituelle de Pskov à l'administration spirituelle de Riga.

En 1869, une école fraternelle de Saint-Pierre a été ouverte près de l'église de la Protection. En décembre 1875, un incendie a détruit le bâtiment en bois de l'église de la Protection. Un concours a été annoncé pour la construction d'une nouvelle église, et grâce aux dons des paroissiens, une église a été érigée selon le projet de Robert Pflug. Le 9 septembre 1879, la cérémonie de consécration de la nouvelle église en pierre de la Protection a eu lieu, célébrée par l'Excellence Philaret II.

Avant le début de la Première Guerre mondiale, l'intérieur de l'église a été démonté et évacué à l'intérieur de l'Empire russe pour éviter le pillage. Le sacristie, les cloches et le chœur ont été emportés. Pendant la période de conflits internes qui ont touché la région, cherchant à s'isoler, l'église n'a pas fonctionné et était en ruine. Après la fin des troubles civils et dans les premières années de l'existence de la République souveraine de Lettonie, l'église est restée abandonnée. Ce n'est qu'en 1921, avec l'arrivée en Lettonie de Jean (Pommer), un apôtre de la foi orthodoxe et de la culture russe, que sa restauration a commencé.