En 1779 se construyó una iglesia de madera en el territorio del cementerio de la Intercesión por orden del gobernador general de Livonia, Y. Y. Braun. Dos años antes, en 1777, existía una pequeña capilla de madera, ubicada detrás de las puertas de Ragul, en el lugar de un antiguo cementerio militar. El decreto de la Consistoría Espiritual de Pskov nº 3985 del 6 de noviembre de 1779 ordenó comenzar la construcción de la iglesia, llamada en honor a la Intercesión de la Santísima Virgen. La capilla fue transformada en iglesia, y los íconos, el altar y el iconostasio fueron tomados de la iglesia de campaña del regimiento de infantería de Pskov, que había abandonado su lugar de despliegue cerca de Riga. Desde el 4 de diciembre de 1779, comenzaron los servicios en la iglesia tras la entrega del antimins por parte de la Consistoría Espiritual de Pskov a la Administración Espiritual de Riga.

En 1869 se abrió la escuela de hermanos de San Pedro y San Pablo en la iglesia de la Intercesión. En diciembre de 1875, un incendio destruyó el edificio de madera de la iglesia de la Intercesión. Se anunció un concurso para la construcción de una nueva iglesia, y con las donaciones de los feligreses se levantó la iglesia según el proyecto de Robert Pflug. El 9 de septiembre de 1879 se celebró la ceremonia de consagración de la nueva iglesia de piedra de la Intercesión, oficiada por el Ilustrísimo Filaret II.

Antes del inicio de la Primera Guerra Mundial, el interior de la iglesia fue desmantelado y evacuado hacia el interior del Imperio Ruso para evitar el saqueo. Se llevaron la sacristía, las campanas y el iconostasio. Durante el período de conflictos internos que afectaron a la región, que buscaba la separación, la iglesia no funcionó y se encontraba en abandono. Tras el final de los disturbios civiles y en los primeros años de existencia de la República Soberana de Letonia, la iglesia permaneció desierta. Solo en 1921, con la llegada a Letonia de Juan (Pommer), un activista por la fe ortodoxa y la cultura rusa, comenzó su restauración.