L'église de la Protection est située au centre de la moderne Montagne de la Protection, nommée d'après l'église de la Protection de la Sainte Vierge, construite dans la forteresse de la ville. Après l'abolition de l'Éparchie de Bryansk, probablement en 1500, la cathédrale a été transférée de l'église de Spaso-Grobov à l'ancienne église de la Protection de la forteresse de Bryansk, qui a commencé à être appelée la cathédrale de Bryansk de la Protection. En 1626, grâce aux fonds du propriétaire terrien de Bryansk, E.T. Alymov, un nouveau bâtiment à deux étages a été érigé à la place de l'ancienne église en bois. L'église inférieure a été consacrée en l'honneur de Saint Alexis, Métropolite de Moscou et de toute la Russie, le Miracle-ouvrier, et l'église supérieure, d'été, en l'honneur de la Protection de la Sainte Vierge. En 1798, l'église de la Transfiguration du monastère de Polikarpov est devenue la cathédrale de la ville, tandis que la cathédrale de la Protection est devenue l'église paroissiale, qui depuis 1876 a été rattachée à la cathédrale de la Transfiguration. En 1896, l'église a été transférée au 144e régiment d'infanterie de Kashira, et les services religieux y étaient célébrés par des prêtres régimentaires. En avril 1919, l'église militaire de l'ancien régiment de Kashira a été fermée et transformée en école. Par la suite, le bâtiment a été plusieurs fois reconstruit pour les besoins des institutions gouvernementales, le dôme et le clocher ont été démolis.

Les services religieux dans l'église ont repris le 24 mai 1991 après la consécration de l'église supérieure par l'Évêque de Kalouga et Bryansk, Paisiy. Le 25 février 1995, l'Archevêque de Bryansk et de Sevsk, Melchisédek, a consacré l'église inférieure au nom de Saint Alexis, Métropolite de Moscou. Le 9 février 1996, une chapelle a été consacrée au nom des Saints Oleg et Polikarp de Bryansk, où le sacrement du baptême est célébré.