Cette église se trouvait entre la cathédrale de Kazan et l'église de la Descente du Saint-Esprit sur les apôtres. Sa construction a eu lieu de 1752 à 1754 sous la direction du constructeur Pafnoutiy, qui y a été enterré. Entre 1780 et 1790, il y avait dans l'église une chapelle en l'honneur de la Naissance du Prophète et Baptiste Jean, érigée par le constructeur Serapion. Au début du XIXe siècle, l'église de la Protection était en ruine, et il a été décidé de construire une nouvelle église du Saint-Esprit, où la chapelle de Jean a ensuite été transférée.

La première Divine Liturgie après la restauration de l'église a eu lieu à la fête de la Protection en 2004.