Esta iglesia se encontraba entre la Catedral de Kazán y la iglesia de la Descensión del Espíritu Santo sobre los apóstoles. Su construcción se llevó a cabo entre 1752 y 1754 bajo la dirección del constructor Pafnutio, quien fue enterrado aquí. Entre 1780 y 1790, en la iglesia existió un altar en honor al Nacimiento del Profeta y Bautista Juan, erigido por el constructor Serapión. A principios del siglo XIX, la iglesia de la Intercesión se había deteriorado, y se tomó la decisión de construir una nueva iglesia del Espíritu Santo, a la que luego se trasladó el altar de Juan.

La primera Divina Liturgia después de la restauración del templo se celebró en la festividad de la Intercesión en 2004.