En 1591, lorsque Kazy-Girey s'est approché de Moscou, le tsar Fiodor Ivanovitch a ordonné de faire une procession avec l'icône de la Vierge de Don autour des murs de la ville, puis de la placer dans l'église de campagne de l'armée russe. La nuit précédant l'icône, le tsar a eu une vision confirmant ses actions. Lorsque l'ennemi s'est approché du camp, plusieurs escarmouches ont eu lieu, mais la bataille n'a jamais commencé. L'armée de Kazy-Girey est restée un jour et s'est soudainement retirée dans la panique, laissant des blessés et des équipements.

Le monastère de Don a été fondé à l'endroit où les troupes russes se tenaient avant la bataille contre les Tatars. Au centre du camp, une église de campagne a été installée avec l'icône de Don. Les Moscovites appelaient le monastère le refuge de la Vierge "qui est dans le convoi".

Avec l'icône de la Vierge, le vénérable Serge de Radonège a béni le prince Dmitri Ivanovitch pour la bataille de Koulikovo en 1380. Après cela, l'icône a été conservée dans la cathédrale de l'Assomption de Kolomna, puis transférée dans l'église de la Nativité de la Vierge à Moscou et plus tard dans la cathédrale de l'Annonciation du Kremlin. Depuis lors, l'icône est devenue connue sous le nom de "Don". Chaque fois que Moscou était menacée, on priait devant elle pour obtenir de l'aide.

Avec la fondation du monastère, une cathédrale en pierre a été construite en l'honneur de l'icône de Don, qui est devenue plus tard la salle à manger. Le monastère de Don est devenu une partie de l'anneau défensif des monastères-forteresses autour de Moscou, la protégeant des ennemis. Il a été conçu comme un poste avancé sur la route de Kalouga.

Au début du XVIIe siècle, le monastère a été capturé et pillé par les Polonais sous la direction de Khotkevich. Après cela, il est tombé en déclin et a été rattaché au monastère d'Andronikov. Le refuge a été revitalisé dans les années 1620 grâce aux tsars Mikhaïl Fiodorovitch et Alexeï Mikhaïlovitch, devenant un lieu de pèlerinage.

Depuis 1684, la construction de la nouvelle cathédrale et des murs du monastère a commencé, rappelant les murs du monastère de Novodievitchi. En 1705, par ordre de Pierre Ier, l'archimandrite Lavrenti est devenu le supérieur, et le monastère est devenu le centre des relations russo-géorgiennes. Des représentants de la noblesse géorgienne y ont trouvé le repos.

En 1745, le monastère a obtenu le statut de stavropigial. Après l'épidémie de peste de 1771, le cimetière monastique est devenu le lieu d'inhumation de la noblesse moscovite. À la fin du XVIIIe siècle, le monastère est devenu l'un des plus vénérés de Moscou.

En 1812, le monastère a été pillé par l'armée de Napoléon, mais les bâtiments ont survécu. Au XIXe siècle, la formation de l'ensemble architectural s'est poursuivie. En 1834, une école spirituelle a été ouverte pour préparer les élèves au séminaire.

Après la Révolution d'Octobre de 1917, le patriarche Tikhon se trouvait au monastère. En 1926, le monastère a été fermé et ses bâtiments ont été utilisés pour un musée et d'autres besoins. En 1935, un musée de l'architecture russe a ouvert ses portes ici.

En 1948, la Petite cathédrale a été restituée au patriarcat de Moscou. En 1990, le monastère est revenu entièrement sous la direction de l'Église. Depuis lors, des travaux de restauration ont été entrepris, de nouvelles églises ont été construites et diverses institutions éducatives et culturelles sont en activité.