Im Jahr 1591, als Kasy-Girey sich Moskau näherte, befahl Zar Fjodor Iwanowitsch, einen Kreuzgang mit dem Donskoi-Ikone der Gottesmutter um die Stadtmauern durchzuführen und sie dann in der Feldkirche der russischen Truppen unterzubringen. In der Nacht vor der Ikone hatte der Zar eine Vision, die seine Handlungen bestätigte. Als der Feind das Lager erreichte, kam es zu mehreren Auseinandersetzungen, aber die Schlacht begann nicht. Die Truppen von Kasy-Girey standen einen Tag lang und zogen dann plötzlich in Panik zurück, wobei sie Verwundete und Ausrüstung zurückließen.

Das Donskoi-Kloster wurde an dem Ort gegründet, an dem die russischen Truppen vor der Schlacht mit den Tataren standen. Im Zentrum des Lagers wurde eine Feldkirche mit der Donskoi-Ikone aufgestellt. Die Moskauer nannten das Kloster die Stätte der Gottesmutter "die im Konvoi ist".

Mit der Ikone der Gottesmutter segnete der heilige Sergius von Radonesch den Fürsten Dmitri Iwanowitsch für die Schlacht von Kulikowo im Jahr 1380. Danach befand sich die Ikone in der Uspenski-Kathedrale von Kolomna und wurde später in die Moskauer Kirche der Geburt der Gottesmutter und später in die Blagoweschenski-Kathedrale des Kremls übertragen. Seitdem wurde die Ikone als "Donskoi" bekannt. Jedes Mal, wenn Moskau in Gefahr war, wurde vor ihr um Hilfe gebetet.

Mit der Gründung des Klosters wurde eine Steinkathedrale zu Ehren der Donskoi-Ikone erbaut, die später zur Speisehalle wurde. Das Donskoi-Kloster wurde Teil des Verteidigungsrings von Klöstern und Festungen um Moskau, um sie vor Feinden zu schützen. Es war als Vorposten an der Kaluga-Straße gedacht.

Zu Beginn des 17. Jahrhunderts wurde das Kloster von den Polen unter der Führung von Chodkiewicz erobert und geplündert. Danach fiel es in den Verfall und wurde dem Andronikow-Kloster zugeordnet. Das Kloster erlebte in den 1620er Jahren dank der Zaren Michael Fjodorowitsch und Alexei Michailowitsch eine Wiederbelebung und wurde zu einem Wallfahrtsort.

Ab 1684 begann der Bau der Neuen Kathedrale und der Klostermauern, die an die Mauern des Nowodewitschi-Klosters erinnerten. 1705 wurde auf Befehl von Peter I. der Archimandrit Lawrentius zum Abt ernannt, und das Kloster wurde zum Zentrum der russisch-georgischen Beziehungen. Hier fanden Vertreter des georgischen Adels ihre letzte Ruhe.

Im Jahr 1745 erhielt das Kloster den Status eines Stavropigial-Klosters. Nach der Pestepidemie von 1771 wurde der Klosterfriedhof zur Begräbnisstätte des Moskauer Adels. Bis zum Ende des 18. Jahrhunderts wurde das Kloster zu einem der verehrtesten in Moskau.

Im Jahr 1812 wurde das Kloster von der Armee Napoleons geplündert, aber die Gebäude blieben erhalten. Im 19. Jahrhundert setzte sich die Bildung des architektonischen Ensembles fort. 1834 wurde eine geistliche Schule eröffnet, um Schüler auf das Seminar vorzubereiten.

Nach der Oktoberrevolution von 1917 befand sich im Kloster Patriarch Tichon. 1926 wurde das Kloster geschlossen, und seine Gebäude wurden für ein Museum und andere Zwecke genutzt. 1935 wurde hier ein Museum für russische Architektur eröffnet.

Im Jahr 1948 wurde die Kleine Kathedrale an die Moskauer Patriarchie zurückgegeben. 1990 kehrte das Kloster vollständig in die Obhut der Kirche zurück. Seitdem werden Restaurierungsarbeiten durchgeführt, neue Kirchen wurden erbaut und verschiedene Bildungs- und Kultureinrichtungen sind aktiv.