En 1591, cuando Kazy-Girey se acercó a Moscú, el zar Fiódor Ivánovich ordenó realizar una procesión con el ícono de Donskaya de la Madre de Dios alrededor de las murallas de la ciudad y luego colocarlo en la iglesia de campaña del ejército ruso. La noche antes del ícono, el zar tuvo una visión que confirmaba sus acciones. Cuando el enemigo se acercó al campamento, ocurrieron varios enfrentamientos, pero la batalla nunca comenzó. El ejército de Kazy-Girey permaneció un día y de repente se retiró en pánico, dejando heridos y equipo.

El monasterio Donskoy fue fundado en el lugar donde las tropas rusas se encontraban antes de la batalla con los tártaros. En el centro del campamento se estableció una iglesia de campaña con el ícono de Donskaya. Los moscovitas llamaban al monasterio la morada de la Madre de Dios "que está en el convoy".

Con el ícono de la Madre de Dios, el venerable Sergio de Radonezh bendijo al príncipe Dmitri Ivánovich para la batalla de Kulikovo en 1380. Después de eso, el ícono estuvo en la catedral de la Asunción de Kolomna, y luego fue trasladado a la iglesia de la Natividad de la Madre de Dios en Moscú y más tarde a la catedral de la Anunciación del Kremlin. Desde entonces, el ícono se ha conocido como "Donskaya". Cada vez que Moscú estaba amenazada, se oraba ante ella por ayuda.

Con la fundación del monasterio, se construyó una catedral de piedra en honor al ícono de Donskaya, que más tarde se convirtió en el refectorio. El monasterio Donskoy se convirtió en parte del anillo defensivo de monasterios-fortalezas alrededor de Moscú, protegiéndola de los enemigos. Fue concebido como un puesto avanzado en la carretera de Kaluga.

A principios del siglo XVII, el monasterio fue capturado y saqueado por los polacos bajo el mando de Jodkiewicz. Después de eso, cayó en decadencia y fue anexado al monasterio de Andronikov. La comunidad resurgió en la década de 1620 gracias a los zares Mijaíl Fiódorovich y Alexéi Mijáilovich, convirtiéndose en un lugar de peregrinación.

Desde 1684, comenzó la construcción de la Nueva catedral y las murallas del monasterio, que recuerdan a las murallas del monasterio Novodévichy. En 1705, por orden de Pedro I, el archimandrita Lavrenti fue nombrado superior, y el monasterio se convirtió en el centro de las relaciones ruso-georgianas. Aquí encontraron descanso representantes de la nobleza georgiana.

En 1745, el monasterio recibió el estatus de estauropigio. Después de la epidemia de peste de 1771, el cementerio del monasterio se convirtió en el lugar de enterramiento de la nobleza moscovita. A finales del siglo XVIII, el monasterio se convirtió en uno de los más venerados en Moscú.

En 1812, el monasterio fue saqueado por el ejército de Napoleón, pero los edificios sobrevivieron. En el siglo XIX continuó la formación del conjunto arquitectónico. En 1834 se abrió una escuela espiritual para preparar a los alumnos para el seminario.

Después de la Revolución de Octubre de 1917, el patriarca Tikhon se encontraba en el monasterio. En 1926, el monasterio fue cerrado, y sus edificios se utilizaron como museo y para otros fines. En 1935, se inauguró aquí un museo de arquitectura rusa.

En 1948, la Pequeña catedral fue devuelta a la Patriarquía de Moscú. En 1990, el monasterio volvió completamente a la jurisdicción de la Iglesia. Desde entonces, se han llevado a cabo trabajos de restauración, se han construido nuevas iglesias y funcionan diversas instituciones educativas y culturales.