L'église de l'Exaltation de la Sainte Croix a été construite en 1893 avec la bénédiction du célèbre missionnaire, l'évêque d'Oufa Dionysius Khitrov. Le prêtre missionnaire Evgraf Evarestov a participé à la consécration de l'église, qui a ensuite tenu des discussions avec les vieux-croyants et a été canonisé comme martyr. Le premier recteur fut le protodiacre Nicolas Kotelnikov, que les paroissiens considéraient comme « un bon pasteur et un bon père ». Il est enterré près de l'autel de l'église, à côté du chef de l'église et principal bienfaiteur, le marchand Trofim Kozlov.

Avant la révolution, la paroisse de l'église de l'Exaltation de la Sainte Croix était l'une des plus grandes d'Oufa, composée principalement de travailleurs. Une œuvre de charité était active au sein de l'église, apportant de l'aide aux habitants pauvres de Nijegorodka et aux familles de soldats pendant la Première Guerre mondiale. Il y avait également une école paroissiale.

Lorsque le père Nicolas Kotelnikov a eu un fils sourd-muet, il, inquiet pour son avenir, a décidé d'aider d'autres enfants atteints de ce handicap en ouvrant en 1902 une école pour sourds-muets avec des fonds de charité. L'un des premiers à faire un don pour cette cause fut saint Jean de Kronstadt. La bienfaisance de l'Impératrice Maria Feodorovna a envoyé une enseignante spécialement formée de Saint-Pétersbourg pour l'école. Pendant la Première Guerre mondiale, l'école est devenue un hôpital militaire de 94 lits. En 1914, un temple a été ajouté au bâtiment au nom des saints évêques Hermogène et Nicolas, dont la construction a été financée par Nicolas II.

À l'époque soviétique, les paroissiens de l'église de l'Exaltation de la Sainte Croix montaient la garde près de l'église pour empêcher sa fermeture. De 1933 à 1937, l'église était le siège de l'évêque Rufin Brekhov, qui dirigeait le conseil épiscopal d'Oufa des communautés autocéphales anciennes. Après son arrestation et la fermeture de l'église, le bâtiment a été transformé en entrepôt d'engrais minéraux. À la demande des croyants, l'église a été rouverte en 1942.

Pour l'organisation de la collecte de dons pour le front, le recteur A. Gorin et la chef de l'église M. Choumakova ont été décorés de médailles « Pour le travail courageux pendant la Grande Guerre patriotique ». M. Choumakova a engagé Nicolas Chigvintsev comme gardien, qui est devenu célèbre sous le nom de moine Moïse d'Oufa. C'était son premier lieu de service ecclésiastique, d'où il est parti pour la cathédrale de Sergueï. Le sapin près de l'autel de l'église a été planté de ses mains. À différentes époques, des hiérarques tels que l'archimandrite Panteleimon Stepanenko, l'igoumène Sophrony Sharobirov, l'igoumène Ilia Bobrovnikov, les prêtres Arkadi Marinin, Théodore Troitsky, Igor Markov et d'autres ont officié ici.

Pendant la période soviétique, lorsque la plupart des églises étaient fermées, l'église de l'Exaltation de la Sainte Croix est restée un lieu de pèlerinage pour les croyants de nombreux villages et hameaux de l'éparchie d'Oufa. En 1994, un monastère de l'Exaltation de la Sainte Croix a été ouvert sur le territoire de l'église, et après son transfert à Sterlitamak en 1998, le protodiacre Roman Khabibullin a créé ici une fraternité pour les sans-abri et un refuge social.