La iglesia de la Elevación de la Cruz fue construida en 1893 con la bendición del conocido misionero, el obispo de Ufa, Dionisio Jitrov. En la consagración del templo participó el sacerdote misionero Evgraf Evarestov, quien más tarde realizó aquí charlas con los viejos creyentes y fue canonizado como santo mártir. El primer rector fue el protoiereo Nikolai Kotelnikov, a quien los feligreses consideraban "buen pastor y buen padre". Está enterrado junto al altar de la iglesia, al lado del anciano de la iglesia y principal benefactor, el comerciante Trofim Kozlov.

Antes de la revolución, la parroquia de la iglesia de la Elevación de la Cruz era una de las más grandes de Ufa, compuesta principalmente por trabajadores. En la iglesia funcionaba una beneficencia que ayudaba a los pobres de Nizhnegorodka y a las familias de soldados durante la Primera Guerra Mundial. También había una escuela parroquial.

Cuando el padre Nikolai Kotelnikov tuvo un hijo sordo, preocupado por su destino, decidió ayudar a otros niños con esa discapacidad, abriendo en 1902 una escuela para sordos con fondos benéficos. Uno de los primeros en donar a esta causa fue el santo Juan de Kronstadt. La beneficencia de la emperatriz María Fedorovna envió a la escuela una maestra especialmente capacitada de San Petersburgo. Durante la Primera Guerra Mundial, la escuela se convirtió en un hospital militar con 94 camas. En 1914, se anexó un templo al edificio en honor a los santos Ermógenes y Nicolás, cuya construcción fue financiada por Nicolás II.

En la época soviética, los feligreses de la iglesia de la Elevación de la Cruz vigilaban el templo para evitar su cierre. Desde 1933 hasta 1937, la iglesia fue la sede del obispo Rufin Brejov, quien dirigía el consejo diocesano de comunidades autocéfalas de la vieja iglesia. Tras su arresto y el cierre de la iglesia, el edificio se utilizó como almacén de fertilizantes minerales. A petición de los creyentes, la iglesia fue reabierta en 1942.

Por organizar la recolección de donaciones para el frente, el rector A. Gorin y la anciana de la iglesia M. Chumakova fueron galardonados con medallas "Por el trabajo valiente en la Gran Guerra Patria". M. Chumakova contrató a Nikolai Chigvintsev como vigilante, quien más tarde se hizo conocido como el venerable Moisés de Ufa. Este fue su primer lugar de servicio eclesiástico, desde donde se trasladó a la catedral de Sergiev. El abeto junto al altar de la iglesia fue plantado por sus manos. En diferentes momentos, aquí sirvieron el archiepiscope Pedro Ladygin, el archimandrita Panteleimon Stepanenko, el igumen Sofronio Sharobirov, el igumen Ilya Bobrovnikov, los sacerdotes Arkadi Marinin, Teodor Troitsky, Igor Markov y otros.

Durante el período soviético, cuando la mayoría de las iglesias estaban cerradas, la iglesia de la Elevación de la Cruz seguía siendo un lugar de peregrinación para los creyentes de muchos pueblos y aldeas de la diócesis de Ufa. En 1994, se abrió en el territorio de la iglesia el monasterio de la Elevación de la Cruz, y tras su traslado a Sterlitamak en 1998, el protoiereo Roman Habibullin creó aquí una hermandad para personas sin hogar y un refugio social.