Die Kreuzerhöhungskirche wurde 1893 mit dem Segen des bekannten Missionars, des Bischofs von Ufa, Dionysius Chitrow, erbaut. An der Weihe der Kirche nahm der missionarische Priester Jewgraf Jewarestow teil, der später hier Gespräche mit den Altgläubigen führte und als heiligmäßiger Märtyrer kanonisiert wurde. Der erste Pfarrer war der Protopresbyter Nikolai Kotelnikow, den die Gemeindemitglieder als "guten Hirten und guten Vater" betrachteten. Er ist neben dem Kirchenältesten und Hauptwohlspender, dem Kaufmann Trofim Kozlow, am Altar der Kirche begraben.

Vor der Revolution war die Gemeinde der Kreuzerhöhungskirche eine der größten in Ufa und bestand hauptsächlich aus Arbeitern. An der Kirche gab es eine kirchliche Wohltätigkeitsorganisation, die armen Bewohnern von Nischnegorodka und den Familien von Soldaten während des Ersten Weltkriegs half. Außerdem gab es an der Kirche eine kirchliche Schule.

Als der Sohn von Vater Nikolai Kotelnikow taubstumm geboren wurde, beschloss er, auch anderen Kindern mit dieser Behinderung zu helfen, und eröffnete 1902 eine Schule für Taubstumme mit Spendengeldern. Einer der ersten Spender war der heilige Johannes von Kronstadt. Die Wohltätigkeitsorganisation der Kaiserin Maria Fjodorowna schickte eine speziell ausgebildete Lehrerin aus Petersburg für die Schule. Während des Ersten Weltkriegs wurde die Schule zu einem Militärlazarett mit 94 Betten. 1914 wurde an das Gebäude eine Kirche im Namen der Heiligen Ermogens und Nikolai angebaut, für deren Bau Nikolai II. Mittel spendete.

In der Sowjetzeit standen die Gemeindemitglieder der Kreuzerhöhungskirche Wache vor der Kirche, um deren Schließung zu verhindern. Von 1933 bis 1937 war die Kirche der Sitz des Bischofs Rufin Brechow, der den Ufaer Diözesanrat der autocephalen altgläubigen Gemeinden leitete. Nach seiner Verhaftung und der Schließung der Kirche wurde im Gebäude ein Lager für mineralische Düngemittel eingerichtet. Auf Bitten der Gläubigen wurde die Kirche 1942 wieder eröffnet.

Für die Organisation von Spenden für die Front wurden der Pfarrer A. Gorin und die Kirchenälteste M. Tschumakowa mit Medaillen "Für heldenhaften Arbeit im Großen Vaterländischen Krieg" ausgezeichnet. M. Tschumakowa stellte Nikolai Tschigwincew als Wächter ein, der später als der heilige Moisey von Ufa bekannt wurde. Dies war sein erster Ort des kirchlichen Dienstes, von wo aus er in die Sergiuskathedrale ging. Die Tanne am Altar der Kirche wurde von seinen Händen gepflanzt. Zu verschiedenen Zeiten dienten hier der schematische Bischof Peter Ladygin, der Archimandrit Panteleimon Stepanenko, der Abt Sophronij Sharobirov, der Abt Ilja Bobrownikow, die Priester Arkadij Marinin, Theodor Troizkij, Igor Markow und andere.

In der sowjetischen Zeit, als die meisten Kirchen geschlossen waren, blieb die Kreuzerhöhungskirche ein Pilgerort für Gläubige aus vielen Dörfern und Siedlungen der Ufaer Diözese. 1994 wurde auf dem Gelände der Kirche das Kreuzerhöhungskloster eröffnet, und nach dessen Verlegung nach Sterlitamak im Jahr 1998 gründete der Protopresbyter Roman Chabibullin hier eine Bruderschaft für Obdachlose und ein soziales Heim.