L'église de la Transfiguration de la Croix est située dans le soi-disant "corps sud", construit entre 1882 et 1887. C'est un bâtiment à deux étages avec un étage en coupole, réalisé dans le style classique. Au niveau de la coupole se trouvait l'église, tandis que les deux premiers étages abritaient la réfectoire du monastère, un atelier artistique, un hôpital, une sacristie et des chambres pour les orphelins élevés au monastère. Au sous-sol se trouvaient une boulangerie et une brasserie.

La première mention de l'utilisation civile de l'église de la Transfiguration date de janvier 1929, lorsque la communauté du monastère de la Mère de Dieu a soumis une demande de fermeture de la principale cathédrale d'été. Le prêtre Alexandre Lebedev, supérieur de l'église de la Mère de Dieu, a informé le NKVD que "l'église de la Transfiguration, inoccupée, avait déjà été transférée aux besoins de l'État". Ce fait n'a pas été documenté, et les autorités ont examiné la question en urgence. Déjà le 13 février 1929, lors d'une réunion du Bureau du Comité exécutif central de l'ATSSR, il a été décidé de résilier le contrat, de considérer l'église comme fermée et d'utiliser le bâtiment pour agrandir l'école n° 12. Le NKF a été chargé de liquider les biens de l'église fermée. À la fin du mois, l'église a été officiellement fermée, car une école de premier degré y était déjà installée depuis longtemps. Le 1er mars, les biens de l'église de la Transfiguration de l'ancien monastère de Kazan ont été transférés au Fonds d'État, et le bâtiment lui-même a été pris en compte par les services municipaux de la ville.

À ce jour, l'église de la Transfiguration a été conservée sous une forme modifiée. Pendant longtemps, le bâtiment a été utilisé par l'institut pédagogique, et en 2004, il a été transféré au monastère de Kazan et de la Mère de Dieu récemment recréé.

Le 29 octobre 2007, une petite cloche a été construite près de la cathédrale de la Transfiguration. Sept cloches, pesant de 6 à 370 kilogrammes, ont été coulées à l'usine de l'Oural "Piatkov et Co" à partir d'un alliage de bronze à cloche et offertes au monastère renaissant par des entrepreneurs d'Ekaterinbourg. Maintenant, le son des cloches accompagne chaque service divin dans la cathédrale de la Transfiguration.

Le 27 avril 2013, la veille du Mardi lumineux, le métropolite de Kazan et du Tatarstan, Anastase, a visité le monastère masculin de Kazan, où il a consacré la chapelle de la cathédrale de la Transfiguration en l'honneur du saint martyr Ermogène, patriarche de toute la Russie.