La iglesia de la Exaltación de la Cruz está ubicada en el llamado "cuerpo sur", construido entre 1882 y 1887. Este edificio de dos pisos con un piso abovedado está realizado en estilo clasicista. En el piso abovedado se encontraba la iglesia, mientras que en los dos primeros pisos se ubicaban el comedor del monasterio, un taller de arte, un hospital, una sacristía y habitaciones para huérfanos que se criaban en el monasterio. En el sótano estaban la panadería y la fábrica de kvass.

La primera mención sobre el uso civil de la iglesia de la Exaltación de la Cruz data de enero de 1929, cuando la comunidad del monasterio de la Madre de Dios solicitó el cierre de la catedral principal de verano. El abad de la iglesia de la Madre de Dios, el sacerdote Alexander Lebedev, informó al NKVD que "la desocupada iglesia de la Exaltación de la Cruz ya ha sido entregada a las necesidades del estado". Este hecho no fue documentado, y las autoridades consideraron urgentemente la cuestión. Ya el 13 de febrero de 1929, en una reunión del Presidium del CEC de la RSSA de Tatarstán, se decidió dar por terminado el contrato, considerar la iglesia cerrada y utilizar el local para la expansión de la escuela n.º 12. Se encargó al NKF liquidar los bienes de la iglesia cerrada. A finales de mes, la iglesia fue oficialmente cerrada, ya que en su edificio había estado funcionando desde hacía tiempo una escuela de primer grado. El 1 de marzo, los bienes de la iglesia de la Exaltación de la Cruz del antiguo monasterio de Kazán fueron transferidos al Fondo Estatal, y el edificio fue registrado por la administración municipal de la ciudad.

Hasta nuestros días, la iglesia de la Exaltación de la Cruz se ha conservado en forma modificada. Durante mucho tiempo, el edificio fue utilizado por el instituto pedagógico, y en 2004 fue transferido al renovado monasterio de Kazán y la Madre de Dios.

El 29 de octubre de 2007, se construyó un pequeño campanario junto a la catedral de la Exaltación de la Cruz. Siete campanas, con un peso de entre 6 y 370 kilogramos, fueron fundidas en la fábrica Ural "Pyatkov y Co" a partir de una aleación de bronce para campanas y fueron donadas al monasterio renaciente por empresarios de Ekaterimburgo. Ahora el sonido de las campanas acompaña cada servicio religioso en la catedral de la Exaltación de la Cruz.

El 27 de abril de 2013, víspera del Martes Luminoso, el metropolitano de Kazán y Tatarstán, Anastasio, visitó el monasterio masculino de Kazán, donde bendijo la iglesia lateral de la catedral de la Exaltación de la Cruz en honor al santo mártir Ermogén, patriarca de toda Rusia.