La première mention de l'église date de 1679, lorsque dans les livres de recensement, il a été fait mention de "l'église chaude de la Décollation de la tête de Saint Jean-Baptiste avec la chapelle de la grande martyre Parascève" à côté de la cathédrale de l'Annonciation. À l'époque, c'était encore une construction en bois. On pense que l'église en pierre a été érigée grâce aux fonds du marchand Ivan Shiryayev de Gorokhovets. En raison de ses caractéristiques architecturales, de sa technique de maçonnerie et de la décoration de ses façades, l'église de Saint Jean-Baptiste ressemble à l'église de Saint Jean Climaque au monastère de Nikolsky à Gorokhovets, ce qui permet de dater sa construction au début du XVIIIe siècle.

L'église de Saint Jean-Baptiste fait partie de l'ensemble du monastère de l'Annonciation. Elle est située au nord, entre le clocher et la cathédrale de l'Annonciation, son coin sud-est touchant presque la cathédrale. L'église termine le territoire du monastère du côté nord. C'est une église chaude, basse et allongée, composée d'une salle à manger et d'une abside.

Le temple est un élément du complexe monastique. C'est une église basse et allongée, typique des églises chaudes, avec une structure volumétrique et compositionnelle en trois parties. Elle possède certains éléments décoratifs communs avec le temple principal du monastère, la cathédrale de l'Annonciation, tels que des kokoshniks ronds et la décoration du tambour. Le volume de l'abside est également réalisé dans un style similaire.