L'église a été construite en 1907 sur une élévation, au début des rues Église et Marché, grâce aux efforts de toute la communauté. Comme modèle, on a utilisé l'église de la Résurrection de Shadrinsk, construite en 1880. La peinture a été réalisée par des artistes de la même ville. L'église, nommée en l'honneur de la Sainte Trinité, a été consacrée en 1908, la veille de la fête correspondante. Le premier prêtre fut le père Vitaly Shmotin, et le diacre, Nikolai Gruntsevsky, transféré du village de Varlakovo.

En novembre 1936, le prêtre de l'église de Mishkino, le père Vasily Nikolaevich Polovinkin, le membre du conseil d'église T.S. Ponomarev et le vieux de l'église A.P. Ankudinov ont été arrêtés, accusés d'agitation antisévétique et religieuse.

En mai 1937, des réunions des collectifs de travail ont eu lieu dans les entreprises de Mishkino, où la fermeture de l'église a été discutée. La décision de fermeture a été prise à l'unanimité. Peu après, l'église a été fermée, les cloches ont été retirées et envoyées à la refonte, une partie de la clôture a été utilisée pour des rampes à l'école, et le bâtiment a été transformé en entrepôt de son de son.

De 1940 à 1946, l'ancienne église a abrité un entrepôt de grains du Fonds d'État d'Assurance. La Grande Guerre patriotique a changé l'attitude envers l'église, et à la veille de 1945, A.A. Antonova, 20 veuves et deux vieillards ayant participé à la construction de l'église ont envoyé une demande au SNK de l'URSS pour obtenir la permission de rouvrir l'église à Mishkino.

Au début de mars 1947, le bâtiment de l'église a été restitué aux croyants, et il a été rapidement remis en état. Les icônes pour le retable ont été apportées des maisons des habitants locaux. L'église a été rouverte et consacrée à la veille de la fête de la Sainte Trinité en mai 1947 par le prêtre Mikhail Pavlovich Biryukov de Shadrinsk. À cette époque, le prêtre était le père Vasily, Vasily Vasilievich Gomzikov, qui a été le recteur jusqu'en 1989 et a été enterré dans l'enceinte de l'église. Depuis 1989, le recteur est devenu le père Alexey Fasola, qui a beaucoup fait pour l'église : il a acheté des cloches, ramenant le son des cloches à Mishkino, et a rénové le système de chauffage.