La iglesia fue construida en 1907 en una elevación, al inicio de las calles Eclesiástica y Bazar, gracias a los esfuerzos de toda la comunidad. Se utilizó como modelo la iglesia de la Resurrección de Shadrinsk, construida en 1880. La pintura fue realizada por artistas de la misma ciudad. La iglesia, nombrada en honor a la Santísima Trinidad, fue consagrada en 1908, justo antes de la festividad correspondiente. El primer sacerdote fue el padre Vitaliy Shmotin, y el diácono, Nikolai Gruntsevsky, trasladado de la aldea de Varlakovo.

En noviembre de 1936, arrestaron al sacerdote de la iglesia de Mishkino, el padre Vasiliy Nikolaevich Polovinkin, al miembro del consejo de la iglesia T.S. Ponomarev y al anciano de la iglesia A.P. Ankudinov, acusándolos de agitación anticomunista y religiosa.

En mayo de 1937, se llevaron a cabo reuniones de los colectivos laborales en las empresas de Mishkino, donde se discutió el cierre de la iglesia. La decisión de cerrarla fue tomada por unanimidad. Pronto cerraron la iglesia, quitaron las campanas y las enviaron a fundir, parte de la cerca se utilizó para barandillas en la escuela, y en el edificio se organizó un almacén de salvado.

Desde 1940 hasta 1946, en la antigua iglesia funcionó un almacén de granos del Fondo Estatal de Seguros. La Gran Guerra Patria cambió la actitud hacia la iglesia, y en vísperas de 1945, A.A. Antonova, 20 viudas y dos ancianos que participaron en la construcción de la iglesia, enviaron una solicitud al SNK de la URSS pidiendo permiso para reabrir la iglesia en Mishkino.

A principios de marzo de 1947, el edificio de la iglesia fue devuelto a los fieles, y rápidamente lo pusieron en orden. Las íconos para el iconostasio fueron traídas de las casas de los habitantes locales. La iglesia fue reabierta y consagrada en vísperas de la festividad de la Santísima Trinidad en mayo de 1947 por el sacerdote Mikhail Pavlovich Biryukov de Shadrinsk. En ese momento, el sacerdote era el padre Vasiliy, Vasiliy Vasilievich Gomzikov, quien sirvió como rector hasta 1989 y fue enterrado en el recinto de la iglesia. Desde 1989, el rector fue el padre Alexey Fasola, quien hizo mucho por la iglesia: adquirió campanas, devolviendo el sonido de las campanas a Mishkino, y renovó el sistema de calefacción.