Autrefois, ce temple, l'un des plus anciens de Moscou, était le centre du district et paraissait beaucoup plus grand qu'aujourd'hui.

Au XIVe siècle, à cet endroit se trouvait le village palatial de Naproudnoï, entouré d'étangs et d'une rivière, qui était un affluent de la Neglinnaya. C'est ici qu'est apparu le palais du Tsar, et les environs de Naproudnoï sont devenus populaires pour la chasse au faucon. La légende de la création de l'église de saint Trifon est liée à cela. Selon la tradition, le prince Patrikeïev a perdu un faucon pendant la chasse et, craignant la colère du monarque (selon certaines sources Ivan III, selon d'autres, Ivan IV le Terrible), a prié saint Trifon. Le faucon a été retrouvé grâce au saint, et en remerciement, le prince Patrikeïev a construit l'église de Trifon. À la fin du XVIe et au début du XVIIe siècle, une fresque représentant saint Trifon à cheval avec un faucon sur le bras est apparue dans l'intérieur du temple.

L'église de Trifon est un temple à une seule coupole sans colonnes avec une voûte en croix. La datation de l'église en pierre suscite des débats parmi les chercheurs. Certains la datent de la fin du XVe siècle, en se basant sur une inscription funéraire et l'utilisation de pierre blanche. L'année 1492 est même mentionnée. D'autres estiment que le temple a été construit au milieu ou dans la seconde moitié du XVIe siècle. S.V. Zagraïevski a suggéré que l'église a été érigée au milieu des années 1470 ou 1480.

Au XVIIIe siècle, une salle à manger avec une chapelle dédiée à saint Nicolas le Miracle-Worker et un clocher ont été ajoutés au temple. Au XIXe siècle, le métropolite du Monténégro a offert au temple une parcelle des reliques de saint Trifon, insérée dans une icône. En 1861, une seconde chapelle a été ajoutée dans la salle à manger en l'honneur de Philaret le Miséricordieux, le patron du métropolite de Moscou Philaret.

À la fin du XIXe et au début du XXe siècle, le temple a considérablement changé et s'est agrandi. En 1889 et 1892, selon le projet de l'architecte P.P. Zykov, une seconde cloche a été construite dans le style pseudo-russe, et en 1894 et 1898, une nouvelle salle à manger. En 1911, un nouvel iconostase en marbre avec des Portes Royales, créé par l'architecte F.O. Shekhtel, a été installé. Cependant, après la fermeture du temple en 1932, les intérieurs ont été perdus.

L'icône de saint Trifon avec une parcelle des reliques a été préservée, car elle a été transférée à l'église de l'Annonciation dans le quartier de Pereyaslav, qui n'a pas été fermée au XXe siècle. Après la fermeture de l'église de Trifon, elle a perdu toutes les annexes des XVIIIe et XXe siècles et est revenue à ses dimensions initiales. Grâce aux restaurateurs, la partie ancienne du bâtiment a pu être conservée. La fresque représentant saint Trifon a été transférée à la Galerie Tretyakov. En 1947 et 1948, lors de la restauration organisée par L.A. David, la forme historique de la coupole a été restaurée et une petite cloche a été créée. Autour du temple, des bâtiments hospitaliers ont poussé, et l'emplacement des chapelles perdues est marqué par des croix en bois.