Cuando este templo, uno de los más antiguos de Moscú, era el centro del distrito y parecía significativamente más grande que ahora.

En el siglo XIV, en este lugar había una aldea palaciega llamada Naprudnoye, rodeada de estanques y un río que era afluente del Neglinnaya. Aquí apareció el Palacio del Soberano, y los alrededores de Naprudnoye se hicieron populares para la caza con halcones. La leyenda sobre la creación de la iglesia de San Trifón está relacionada precisamente con esto. Según la tradición, el príncipe Patrikeev, durante una cacería, perdió su halcón y, temiendo la ira del monarca (según algunas fuentes, Iván III, según otras, Iván IV el Terrible), oró a San Trifón. El halcón fue encontrado gracias al santo, y en agradecimiento, el príncipe Patrikeev construyó la iglesia de Trifón. A finales del siglo XVI y principios del XVII, en el interior del templo apareció un fresco que representa a San Trifón montando a caballo con un halcón en la mano.

La iglesia de Trifón es un templo de una sola cúpula sin columnas con una bóveda en forma de cruz. La datación de la iglesia de piedra genera controversia entre los investigadores. Algunos la sitúan a finales del siglo XV, basándose en la inscripción funeraria y el uso de piedra blanca. Se menciona incluso el año 1492. Otros creen que el templo fue construido a mediados o en la segunda mitad del siglo XVI. S.V. Zagraevsky sugirió que la iglesia fue erigida a mediados de los años 1470 o 1480.

En el siglo XVIII, se añadió al templo un refectorio con una capilla dedicada a San Nicolás el Milagroso y un campanario. En el siglo XIX, el metropolitano de Montenegro regaló a la iglesia una parte de las reliquias de San Trifón, insertada en un ícono. En 1861, se añadió un segundo altar en el refectorio en honor a Filareto el Misericordioso, protector del metropolitano de Moscú Filareto.

A finales del siglo XIX y principios del XX, el templo cambió y creció significativamente. En 1889 y 1892, según el proyecto del arquitecto P.P. Zykov, se construyó un segundo campanario en estilo pseudo-ruso, y en 1894 y 1898, un nuevo refectorio. En 1911, se instaló un nuevo iconostasio de mármol con las Puertas Reales, creado por el arquitecto F.O. Shekhtel. Sin embargo, después del cierre del templo en 1932, los interiores se perdieron.

El ícono de San Trifón con una parte de las reliquias se ha conservado, ya que fue trasladado a la iglesia de la Señal en la sloboda de Pereyaslav, que no cerró en el siglo XX. Después del cierre de la iglesia de Trifón, perdió todas las adiciones de los siglos XVIII y XX y volvió a sus dimensiones originales. Gracias a los restauradores, se logró conservar la parte antigua del edificio. El fresco con la imagen de San Trifón fue trasladado a la Galería Tretyakov. En 1947 y 1948, durante la restauración organizada por L.A. David, se restauró la forma histórica de la cúpula y se creó una pequeña campanita. Alrededor de la iglesia crecieron edificios hospitalarios, y el lugar de los altares perdidos está marcado con cruces de madera.