Einst war dieser Tempel, einer der ältesten in Moskau, das Zentrum des Bezirks und sah deutlich größer aus als heute.

Im 14. Jahrhundert befand sich an dieser Stelle das Palastdorf Naprudnoye, umgeben von Teichen und einem Fluss, der ein Nebenfluss der Neglinnaya war. Hier entstand der Staatliche Wolowiy-Hof, und die Umgebung von Naprudnoye wurde für die Falkenjagd beliebt. Die Legende über die Gründung der Kirche des Heiligen Trifon ist genau damit verbunden. Der Überlieferung nach verlor Fürst Patrikeev während der Jagd einen Falken und betete aus Angst vor dem Zorn des Monarchen (nach einigen Quellen Iwan III., nach anderen Iwan IV. dem Schrecklichen) zu dem Heiligen Trifon. Der Falke wurde dank des Heiligen gefunden, und zur Dankbarkeit baute Fürst Patrikeev die Trifon-Kirche. Ende des 16. und Anfang des 17. Jahrhunderts erschien im Inneren des Tempels ein Fresko, das den Heiligen Trifon auf einem Pferd mit einem Falken auf der Hand darstellt.

Die Trifon-Kirche ist ein einschiffiger, säulenloser Tempel mit einem kreuzförmigen Gewölbe. Die Datierung der Steinkirche ist unter Forschern umstritten. Einige datieren sie ins späte 15. Jahrhundert, basierend auf der Grabinschrift und der Verwendung von weißem Stein. Sogar das Jahr 1492 wird erwähnt. Andere glauben, dass der Tempel in der Mitte oder der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts erbaut wurde. S.V. Zagraevsky vermutete, dass die Kirche in den 1470er oder 1480er Jahren errichtet wurde.

Im 18. Jahrhundert wurde dem Tempel eine Sakristei mit einer Kapelle des Heiligen Nikolaus von Myra und ein Glockenturm hinzugefügt. Im 19. Jahrhundert schenkte der Metropolit von Montenegro dem Tempel ein Teil der Reliquien des Heiligen Trifon, das in ein Ikone eingefügt wurde. 1861 entstand in der Sakristei eine zweite Kapelle zu Ehren des Heiligen Filaret von Milostiviy, dem Schutzpatron des Metropoliten von Moskau Filaret.

An der Wende vom 19. zum 20. Jahrhundert veränderte sich der Tempel erheblich und vergrößerte sich. 1889 und 1892 wurde nach dem Entwurf des Architekten P.P. Zykov ein zweiter Glockenturm im pseudorussischen Stil erbaut, und 1894 und 1898 eine neue Sakristei. 1911 entstand ein neuer marmorner Ikonostase mit den Zarenpforten, entworfen von dem Architekten F.O. Shekhtel. Doch nach der Schließung des Tempels im Jahr 1932 gingen die Innenräume verloren.

Das Ikone des Heiligen Trifon mit einem Teil der Reliquien blieb erhalten, da sie in die Kirche der Erscheinung in der Peryaslavskaya Sloboda übertragen wurde, die im 20. Jahrhundert nicht geschlossen wurde. Nach der Schließung der Trifon-Kirche verlor sie alle Anbauten aus dem 18. und 20. Jahrhundert und kehrte zu den ursprünglichen Dimensionen zurück. Dank der Restauratoren gelang es, den alten Teil des Gebäudes zu erhalten. Das Fresko mit dem Bild des Heiligen Trifon wurde in die Tretjakow-Galerie übertragen. In den Jahren 1947 und 1948 wurde im Rahmen einer Restaurierung, die von L.A. David organisiert wurde, die historische Form der Kuppel wiederhergestellt und ein kleiner Glockenturm geschaffen. Rund um die Kirche wuchsen Krankenhausgebäude, und der Ort der verlorenen Kapellen wurde mit hölzernen Kreuzen markiert.