Les reliques du bienheureux Stéphane ont été laissées sous terre, et peu après, une église en pierre a été construite au-dessus, devenant le chapelle nord du nouveau temple de la Trinité. La chapelle a été consacrée en 1558 en présence d'Ivan le Terrible et de la princesse Anastasia, qui a offert des ornements pour l'autel, des langes pour les icônes et un voile pour le reliquaire du bienheureux. Grâce aux efforts de l'abbé Amphiloque et en partie à ses fonds, les fresques murales et le chœur de l'église de Stéphane ont été rénovés. À partir de 1885, toutes les fresques murales du monastère ont été réalisées par le peintre alexandrin Fiodor Dmitrievitch Lavrovski. Avec ses fils Fiodor et Dmitri, qui étudiaient à l'école Stroganov de Moscou, il se rendait souvent à Makhré, réalisant de nombreuses œuvres picturales, et en 1906, il a décoré l'église de Stéphane rénovée et a restauré les icônes. À l'occasion du 500e anniversaire de la mort du bienheureux Stéphane, l'église de Stéphane a été considérablement reconstruite. La consécration de l'église reconstruite a eu lieu le 5 juin 1906 sous la direction de l'archimandrite Tobie du monastère de la Sainte-Trinité de Serguiev et en co-service avec le constructeur de Makhré Melchisédech et la fraternité. Le monastère a été fermé le 5 janvier 1923. En 1942, les églises de Stéphane et de la Trinité, ainsi que le clocher, ont été démolies, et le gravier a été utilisé pour la construction d'un aérodrome dans le village de Slobodka, dans le district de Kirjatch. En 1995, les religieuses ont demandé de l'aide au président du conglomérat "Rosenergoatom" Eraste Nikolaïevitch Pozdychev, qui, avec ses collaborateurs, a travaillé pendant plus de dix ans à la renaissance du monastère. Aujourd'hui, le conglomérat est dirigé par son successeur Sergueï Alexandrovitch Obozov, qui continue de veiller sur le monastère. À l'été 1996, des travaux d'exploration et archéologiques ont commencé pour étudier les restes de l'église de Stéphane. Les fondations en gros blocs étaient en bon état. Le 14 octobre 1996, la pose de la première pierre a eu lieu, et des cloches ont été apportées. Pour la première fois en 75 ans, les environs ont résonné du tintement des cloches. Le 14 octobre 1997, une croix a été élevée sur l'église, et le 25 novembre, sa consécration a eu lieu. D'après les chroniques du monastère du 25 novembre 1997 : "Vers dix heures du matin, le Saint Patriarche de Moscou et de toute la Russie Alexis II est arrivé. Avec le chant du tropaire de la Sainte Trinité, le Primat de l'Église orthodoxe russe a été conduit dans le nouveau temple. Ce temple, construit au-dessus des reliques retrouvées du bienheureux Stéphane de Makhré, et considéré auparavant comme la chapelle nord de la cathédrale de la Trinité, a été initialement consacré en 1558 en présence du tsar Ivan le Terrible. Et maintenant, après presque 440 ans, le trône au nom du bienheureux Stéphane de Makhré a été consacré par le Saint Patriarche. Pour la première fois après tant d'années de désolation, la Sainte Liturgie a été célébrée sur le lieu de sépulture du miracle de Makhré".

La veille de la fête de la Pentecôte, le 16 juin 2000, une icône de la Sainte Trinité et une croix en bas-relief ont été installées, couronnant le chœur à trois niveaux. En 2006, un porche couvert a été recréé contre le mur ouest dans la forme qu'il avait en 1912. À l'occasion du 600e anniversaire de la mort du bienheureux Stéphane, à l'été 2006, un reliquaire avec un dais a été installé sur le lieu de son repos, réalisé dans la technique du bas-relief avec des éléments de repoussé et de fonte. L'auteur de l'œuvre est Maxim Lavdansky. Entre 2007 et 2010, l'église a été ornée de fresques extérieures et de carreaux, réalisés par des artistes de l'atelier "Kynovary" et par les sœurs du monastère.