Las reliquias del venerable Esteban fueron dejadas bajo tierra, y sobre ellas pronto se construyó una iglesia de piedra, que se convirtió en la capilla norte del nuevo templo de la Trinidad. La capilla fue consagrada en 1558 en presencia de Iván el Terrible y la zarina Anastasia, quien donó vestiduras para el altar, pañales para los íconos y un manto para el relicario del venerable. Gracias a los esfuerzos del igumen Amfilojio y en parte con sus fondos, se renovaron las pinturas murales y el iconostasio del altar en la iglesia de Esteban. Desde 1885, todas las pinturas murales en el monasterio fueron realizadas por el pintor de Aleksandrov, Fyodor Dmitrievich Lavrovsky. Junto con sus hijos Fyodor y Dmitry, que estudiaban en la Escuela Stroganov de Moscú, él visitaba a menudo Makhri, realizando numerosas obras pictóricas; en 1906, pintó la iglesia de Esteban reconstruida y renovó los íconos. Para el 500 aniversario de la muerte del venerable Esteban, la iglesia de Esteban fue significativamente reconstruida. La consagración de la iglesia reconstruida tuvo lugar el 5 de junio de 1906 bajo la dirección del archimandrita Tobías del Monasterio de la Trinidad de San Sergio, en co-servicio con el constructor de Makhri Melquisedec y la hermandad. El monasterio fue cerrado el 5 de enero de 1923. En 1942, se desmantelaron las iglesias de Esteban y de la Trinidad, así como el campanario, y la grava se utilizó para la construcción de un aeródromo en la aldea de Slobodka, en el distrito de Kirzhach. En 1995, las monjas pidieron ayuda al presidente del consorcio 'Rosenergoatom', Erast Nikolayevich Pozdychev, quien junto con sus empleados trabajó durante más de diez años en la restauración del monasterio. Hoy, el consorcio es dirigido por su sucesor Sergey Alexandrovich Obozov, quien continúa cuidando del monasterio. En el verano de 1996, comenzaron trabajos de investigación y arqueológicos para estudiar los restos de la iglesia de Esteban. La base de grandes piedras se encontró en buen estado. El 14 de octubre de 1996 se realizó la solemne colocación de la primera piedra, y se trajeron las campanas. Por primera vez en 75 años, los alrededores se llenaron con el sonido de las campanas. El 14 de octubre de 1997, se levantó una cruz sobre la iglesia, y el 25 de noviembre tuvo lugar su consagración. De la crónica del monasterio del 25 de noviembre de 1997: 'Alrededor de las diez de la mañana llegó Su Santidad el Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexis II. Con el canto del tropario a la Santísima Trinidad, se condujo al nuevo templo al Primado de la Iglesia Ortodoxa Rusa. Este templo, construido sobre las reliquias del venerable Esteban de Makhri y considerado anteriormente como la capilla norte de la catedral de la Trinidad, fue originalmente consagrado en 1558 en presencia del zar Iván el Terrible. Y ahora, casi 440 años después, el altar en nombre del venerable Esteban de Makhri fue consagrado por Su Santidad. Por primera vez después de tantos años de abandono, Su Santidad ofreció el Sacrificio Inmaculado sobre el lugar de sepultura del milagroso de Makhri.'

En la víspera de la festividad de Pentecostés, el 16 de junio de 2000, se instaló un ícono de la Santísima Trinidad y una cruz de basma, que coronó el iconostasio de tres niveles. En 2006, se recreó un pórtico cubierto en el lado oeste en la forma en que fue añadido en 1912. Para el 600 aniversario de la muerte del venerable Esteban, en el verano de 2006, se instaló un relicario con un dosel sobre su lugar de descanso, realizado en la técnica de basma con elementos de repujado y fundición. El autor de la obra fue Maxim Lavdanski. Entre 2007 y 2010, la iglesia fue decorada con pinturas exteriores y azulejos, realizados por artistas del taller 'Cinnabar' y las hermanas del monasterio.