Die Reliquien des heiligen Stefan wurden unter dem Boden belassen, und bald darauf wurde eine steinerne Kirche darüber erbaut, die zum nördlichen Anbau des neuen Dreifaltigkeits-Tempels wurde. Der Anbau wurde 1558 im Beisein von Iwan dem Schrecklichen und der Zarin Anastasia geweiht, die Gewänder für den Altar, Tücher für die Ikonen und einen Deckel für die Reliquien des Heiligen spendete. Dank der Bemühungen des Abtes Amphilochius und teilweise aus seinen Mitteln wurden die Wandmalereien und der ikonostatische Voraltar im Stefan-Tempel erneuert. Ab 1885 wurden alle Wandmalereien im Kloster vom alexandrinischen Maler Fjodor Dmitrievich Lavrovsky ausgeführt. Zusammen mit seinen Söhnen Fjodor und Dmitri, die an der Moskauer Stroganov-Schule studierten, war er oft in Machra und führte zahlreiche Malereien aus, 1906 malte er die rekonstruierte Stefan-Kirche und erneuerte die Ikonen. Zum 500. Jahrestag des Todes des heiligen Stefan wurde die Stefan-Kirche erheblich umgebaut. Die Weihe der umgebauten Kirche fand am 5. Juni 1906 unter der Leitung von Archimandrit Tobias aus dem Heiligen Dreifaltigkeits-Sergius-Kloster in Gemeinschaft mit dem Machri-Bauer Melchisedek und der Bruderschaft statt. Das Kloster wurde am 5. Januar 1923 geschlossen. 1942 wurden die Stefan- und Dreifaltigkeitskirchen sowie der Glockenturm abgerissen, und der Schotter wurde für den Bau eines Flugplatzes im Dorf Slobodka im Kreis Kirzhach verwendet. 1995 wandten sich die Nonnen um Hilfe an den Präsidenten des Konzerns „Rosenergoatom“ Erast Nikolajewitsch Pozdychev, der zusammen mit seinen Mitarbeitern über zehn Jahre lang an der Wiederbelebung des Klosters arbeitete. Heute wird der Konzern von seinem Nachfolger Sergej Alexandrowitsch Obosow geleitet, der weiterhin für das Kloster sorgt. Im Sommer 1996 begannen die Erkundungs- und archäologischen Arbeiten zur Untersuchung der Überreste der Stefan-Kirche. Das Fundament aus großen Findlingen war in gutem Zustand. Am 14. Oktober 1996 fand die feierliche Grundsteinlegung statt, und die Glocken wurden gebracht. Zum ersten Mal seit 75 Jahren erfüllten die Umgebung die Glockenläuten. Am 14. Oktober 1997 wurde ein Kreuz auf die Kirche gehoben, und am 25. November fand ihre Weihe statt. Aus der Chronik des Klosters vom 25. November 1997: „Gegen zehn Uhr morgens kam der Heilige Patriarch von Moskau und ganz Russland Alexij II. Mit dem Gesang des Troparions der Heiligen Dreifaltigkeit wurde der Oberhaupt der Russisch-Orthodoxen Kirche in den neuen Tempel geleitet. Dieser Tempel, der über den gefundenen Reliquien des heiligen Stefan von Machri erbaut wurde und zuvor als nördlicher Anbau der Dreifaltigkeitskathedrale galt, wurde ursprünglich 1558 im Beisein von Zar Iwan dem Schrecklichen geweiht. Und nun, fast 440 Jahre später, weihte der Heilige Patriarch den Altar im Namen des heiligen Stefan von Machri. Zum ersten Mal nach so vielen Jahren der Verwüstung wurde vom Heiligen die unblutige Opfergabe über dem Grab des Machri-Wundertäters dargebracht.

Am Vorabend des Pfingstfestes, dem 16. Juni 2000, wurde das Ikone der Heiligen Dreifaltigkeit und ein Basma-Kreuz installiert, das den dreistufigen Ikonostase krönte. 2006 wurde an der Westwand ein überdachter Vorraum in der Form rekonstruiert, in der er 1912 angebaut wurde. Zum 600. Jahrestag des Todes des heiligen Stefan, im Sommer 2006, wurde über dem Ort seiner Ruhe eine Reliquienkapsel mit einem Baldachin errichtet, die in der Technik der Basma mit Elementen der Prägung und Gießerei gefertigt wurde. Der Autor der Arbeit war Maxim Lavdanski. In den Jahren 2007-2010 wurde die Kirche mit Außenmalereien und Fliesen geschmückt, die von Künstlern der Werkstatt „Kynowar“ und den Schwestern des Klosters ausgeführt wurden.