Le temple en pierre de la Transfiguration du Seigneur a été posé en 1795. Les marchands irkoutsiens Stefan Ignatiev et Ivan Soukhikh, ayant fait don de 6 000 et 3 000 roubles respectivement pour la construction, ont demandé la création de l'église de la Transfiguration à l'évêque d'Irkoutsk et de Nerchinsk, Veniamin Bagrianski. L'évêque, à son tour, a contacté le gouverneur d'Irkoutsk, Illarion Timofeïevitch Nagel, et a envoyé une demande au Saint-Synode pour obtenir la permission de créer une paroisse. La réponse a été rapide, et la même année, un emplacement a été attribué pour la construction.

On suppose que le projet de l'église a été confié à l'architecte Anton Ivanovitch Losev. Bien que les détails de la construction soient inconnus, il est probable que des forgerons et des artisans de la sloboda de Rabotchaïa aient participé aux travaux, fournissant des articles en fer pour l'église à partir de leurs matériaux.

Le 10 août 1798, le bras droit de l'église, le chapelle d'Ilia, a été consacré, et une nouvelle paroisse de la Transfiguration a été formée. Pour elle, 41 maisons ont été attribuées de la paroisse de la Croix, 70 maisons de la paroisse de Vladimir et 84 maisons de la paroisse de la Bonne Nouvelle, totalisant 195 maisons, ce qui représentait environ 800 paroissiens. Le bras gauche au nom du premier martyr et archidiacre Étienne a été consacré le 8 septembre 1802. Le temple principal en l'honneur de la Transfiguration du Seigneur a été consacré le 6 août 1811.

En 1849, grâce aux fonds du citoyen d'honneur d'Irkoutsk, Evfimy Andreyevich Kouznetsov, une clôture d'église, une sacristie et un porche du côté nord du temple ont été aménagés, et le toit en bois a été remplacé par un toit en fer.

Le temple était souvent visité par le gouverneur général de Sibérie, Mikhaïl Mikhaïlovitch Speranski, et les décembristes qui se trouvaient à Irkoutsk. Dans la paroisse, de 1845 à 1855, vivaient avec leurs familles les décembristes Sergey Grigorievich Volkonsky et Sergey Petrovich Troubetskoy. Dans le temple, se sont mariés la fille des Volkonsky, Elena, et la fille du décembriste Mikhaïl Kyukhelbekker. C'est ici que furent célébrées les funérailles des décembristes Pyotr Alexandrovich Mukhanov et Nikolai Alexeievich Panov.

À proximité du temple se trouvait une école paroissiale, ouverte grâce aux fonds de N.L. Rodionov. De l'autre côté de la rue se trouvait un orphelinat pour filles d'E.M. Medvednikova, dont les pupilles fréquentaient également cette église.

Selon les archives, au 1er octobre 1937, la paroisse de la Transfiguration restait la plus grande des trois églises orthodoxes en activité à Irkoutsk, comptant 1505 paroissiens.

À l'époque soviétique, le bâtiment du temple abritait des archives et un dépôt de livres. À l'extérieur, le temple a perdu deux annexes latérales, adjacentes au porche, à la sacristie et à la loge du gardien.

Les services religieux ont été repris en 2000.