Die steinerne Kirche der Verklärung des Herrn wurde 1795 gegründet. Die irkutskischen Kaufleute Stefan Ignatjew und Ivan Suchich, die 6.000 bzw. 3.000 Rubel für den Bau gespendet hatten, wandten sich mit der Bitte um die Errichtung der Verklärungskirche an den Bischof von Irkutsk und Nerchinsk, Weniamin Bagryanski. Der Bischof wiederum kontaktierte den irkutskischen Gouverneur Illarion Timofejewitsch Nagel und sandte ein Gesuch an den Heiligen Synod, um die Genehmigung zur Gründung der Gemeinde zu erhalten. Die Antwort kam schnell, und im selben Jahr wurde ein Platz für den Bau ausgewiesen.

Es wird angenommen, dass das Projekt der Kirche dem Architekten Anton Iwanowitsch Losew anvertraut wurde. Obwohl die Einzelheiten des Baus unbekannt sind, ist es wahrscheinlich, dass Schmiede und Meister aus der Arbeitersiedlung an den Arbeiten beteiligt waren und Eisenwaren aus ihren Materialien für die Kirche bereitstellten.

Am 10. August 1798 wurde die rechte Iljinsker Kapelle der Kirche geweiht, und eine neue Verklärungsgemeinde wurde gegründet. Dafür wurden 41 Höhlen aus der Kreuzerhöhungsgemeinde, 70 Höhlen aus der Wladimirgemeinde und 84 Höhlen aus der Blagoweschtschensk-Gemeinde bereitgestellt, insgesamt 195 Höhlen, was etwa 800 Gemeindemitglieder ausmachte. Die linke Kapelle im Namen des ersten Märtyrers und Archidiakons Stefan wurde am 8. September 1802 geweiht. Die Hauptkirche zu Ehren der Verklärung des Herrn wurde am 6. August 1811 geweiht.

Im Jahr 1849 wurden auf Kosten des irkutskischen Ehrenbürgers Jewfimij Andrejewitsch Kuznetsov eine Kirchenumfriedung, eine Sakristei und ein Vorbau auf der Nordseite der Kirche eingerichtet, und das Holzdach wurde durch ein Eisendach ersetzt.

Die Kirche wurde häufig von dem Generalgouverneur von Sibirien, Michail Michailowitsch Speranski, und den Dekabristen besucht, die sich in Irkutsk aufhielten. In der Gemeinde lebten von 1845 bis 1855 die Dekabristen Sergej Grigorjewitsch Wolkonski und Sergej Petrowitsch Trubetskoy mit ihren Familien. In der Kirche heirateten die Tochter der Wolkonskis, Elena, und die Tochter des Dekabristen Michail Küchelbecker. Hier wurden auch die Dekabristen Peter Alexandrowitsch Muchanow und Nikolai Alexejewitsch Panow beigesetzt.

Neben der Kirche befand sich eine kirchliche Schule, die auf Kosten von N.L. Rodionow eröffnet wurde. Auf der gegenüberliegenden Straßenseite befand sich ein Waisenhaus für Mädchen von E.M. Medwednikow, deren Zöglinge ebenfalls diese Kirche besuchten.

Laut Archivdaten war die Spaso-Verklärungsgemeinde am 1. Oktober 1937 die größte der drei aktiven orthodoxen Kirchen in Irkutsk mit 1.505 Gemeindemitgliedern.

In der Sowjetzeit beherbergte das Gebäude der Kirche ein Archiv und ein Buchlager. Von außen verlor die Kirche zwei seitliche Anbauten, die an die Vorhalle, die Sakristei und die Wache angrenzten.

Die Gottesdienste wurden im Jahr 2000 wieder aufgenommen.