El templo de piedra de la Transfiguración del Señor fue fundado en 1795. Los comerciantes irkutianos Stefan Ignatiev e Ivan Sukhikh, que donaron 6,000 y 3,000 rublos respectivamente para la construcción, solicitaron la creación de la iglesia de la Transfiguración al obispo de Irkutsk y Nerchinsk, Veniamin Bagryansky. El obispo, a su vez, se comunicó con el gobernador de Irkutsk, Illarion Timofeyevich Nagel, y envió una petición al Santo Sínodo para obtener permiso para crear la parroquia. La respuesta fue rápida, y ese mismo año se asignó un lugar para la construcción.

Se supone que el proyecto del templo fue encargado al arquitecto Anton Ivanovich Losev. Aunque los detalles de la construcción son desconocidos, es probable que los herreros y maestros de la aldea de Rabochedomskaya participaran en los trabajos, proporcionando productos de hierro para la iglesia de sus propios materiales.

El 10 de agosto de 1798 se consagró el altar derecho de Ilyinsky del templo, y se formó una nueva parroquia de la Transfiguración. Se asignaron 41 casas de la parroquia de la Elevación de la Cruz, 70 casas de la parroquia de Vladimir y 84 casas de la parroquia de la Anunciación, un total de 195 casas, lo que constituyó alrededor de 800 feligreses. El altar izquierdo en honor al primer mártir y archidiácono Esteban fue consagrado el 8 de septiembre de 1802. El templo principal en honor a la Transfiguración del Señor fue consagrado el 6 de agosto de 1811.

En 1849, con los fondos del ciudadano honorario de Irkutsk, Yefim Andreyevich Kuznetsov, se construyeron la cerca de la iglesia, la sacristía y el porche en el lado norte del templo, y se reemplazó el techo de madera por uno de hierro.

El templo fue frecuentado a menudo por el gobernador general de Siberia, Mikhail Mikhailovich Speransky, y los decembristas que se encontraban en Irkutsk. En la parroquia, de 1845 a 1855, vivieron con sus familias los decembristas Sergey Grigoryevich Volkonsky y Sergey Petrovich Trubetskoy. En el templo se casaron la hija de los Volkonsky, Elena, y la hija del decembrista Mikhail Kyukhelbekker. Aquí también se celebraron los funerales de los decembristas Pyotr Alexandrovich Mukhanov y Nikolai Alexeyevich Panov.

Cerca del templo había una escuela parroquial, abierta con los fondos de N.L. Rodionov. Al otro lado de la calle se encontraba un hogar de huérfanas para niñas de E.M. Medvednikova, cuyas pupilas también asistían a esta iglesia.

Según datos archivísticos del 1 de octubre de 1937, la parroquia de la Transfiguración del Salvador seguía siendo la más grande de las tres iglesias ortodoxas en funcionamiento en Irkutsk, con 1,505 feligreses.

En la época soviética, el edificio del templo albergó un archivo y una biblioteca. Por fuera, el templo perdió dos anexos laterales que se unían al pórtico, la sacristía y la caseta del portero.

Los servicios religiosos se reanudaron en el año 2000.