À la fin du XVIIe siècle, la construction en pierre a commencé dans le monastère. Entre 1689 et 1700, les maîtres d'Uglich, sous la direction de l'abbesse Elena, ont érigé l'église de l'Épiphanie du Seigneur avec la chapelle de l'icône de Smolensk de la Mère de Dieu. Au rez-de-chaussée se trouvait l'église en l'honneur des apôtres Jean l'Évangéliste et André le Premier Appelé. En 1775, une chapelle dédiée à Jean le Miséricordieux et à Dimitri de Rostov a été aménagée dans une pièce voisine. Cependant, en 1840, en raison de l'inconfort et de l'obscurité, tous ces temples ont été supprimés et un hôpital a été ouvert à leur place. En octobre 1853, après la consécration de la nouvelle cathédrale de l'Épiphanie, l'ancienne église de l'Épiphanie a été fermée. En 1854, le maître-autel a été consacré en l'honneur de l'icône de Smolensk de la Mère de Dieu, et la chapelle nord, en l'honneur de l'Exaltation de la Sainte Croix, a ensuite été supprimée et utilisée comme sacristie.

L'église de Smolensk est un temple typique à cinq coupoles sur un sous-sol, ressemblant à l'église de l'Odigitrie du monastère de Voskresensky et à l'église de l'Entrée de la Mère de Dieu du monastère de Nikolo-Uleyminsky. À l'origine, le temple avait un porche avec deux escaliers et un clocher en forme de tente. Au XIXe siècle, le porche a été remplacé par un nouveau dans le style classique du côté nord, surmonté d'un pinacle avec une croix. Du côté sud, à l'emplacement du porche, une petite tente a été construite. Lors de la restauration de 1970-1975, elle a été démontée, et à la place de l'ouverture, deux arcs ont été érigés, répétant les formes de la galerie occidentale. Le clocher en forme de tente était situé sur une petite tente, dont la partie inférieure a été conservée. Il a été démonté en raison de sa vétusté après la construction d'un nouveau clocher près de l'église de Fiodor. Les documents liés à la construction de l'église en 1689 contiennent des informations sur le clocher perdu, qui pouvait ressembler aux clochers de l'église de la Nativité de Jean-Baptiste « sur la Volga » et de l'église de l'Entrée de la Mère de Dieu du monastère de Nikolo-Uleyminsky. Aucune image du clocher n'a été conservée.

À l'intérieur du temple se trouvait à l'origine un iconostase doré à cinq niveaux, sans fresques. En 1854, un nouvel iconostase à trois niveaux avec des détails dorés et de la peinture rouge sous vernis a été installé. Il a inclus de nombreuses icônes des XVIIe et XVIIIe siècles. À cette époque, l'église a été peinte, et des fresques sur le thème des miracles de l'icône de Smolensk de la Mère de Dieu sont apparues dans la partie du temple, qui sont maintenant perdues. Dans la chapelle de l'Exaltation, la Vierge Marie est représentée sur la voûte avec le vers « Toute créature se réjouit en toi, ô pleine de grâce ». La peinture de la partie du temple, composée de petites médaillons dans des cadres ornementaux, est proche de la peinture religieuse traditionnelle des XVIIe et XVIIIe siècles.

Actuellement, des sœurs résident dans l'église de l'icône de Smolensk de la Mère de Dieu.