A finales del siglo XVII, comenzó la construcción de piedra en el monasterio. Durante el período de 1689 a 1700, los maestros de Uglich, bajo la dirección de la igumenia Elena, levantaron la iglesia de la Epifanía del Señor con la capilla de la Madre de Dios de Smolensk. En el piso inferior se encontraba la iglesia en honor a los apóstoles Juan el Teólogo y Andrés el Primero Llamado. En 1775, en una habitación contigua, se organizó la capilla de Juan el Misericordioso y Dimitri de Rostov. Sin embargo, en 1840, debido a la incomodidad y la oscuridad, todos estos templos fueron abolidos y en su lugar se abrió un hospital. En octubre de 1853, tras la consagración de la nueva catedral de Bogoyavlensky, la antigua iglesia de Bogoyavlensky fue cerrada. En 1854, el altar mayor fue consagrado en honor a la Icono de Smolensk de la Madre de Dios, y la capilla norte, en honor a la Elevación de la Santa Cruz, que más tarde fue abolida y se utilizó como sacristía.

La iglesia de Smolensk es un típico templo de cinco cúpulas en un sótano, que por su forma recuerda a la iglesia de la Odigitria del monasterio de Voskresensky y a la iglesia de la Presentación del monasterio de Nikolouleyminsky. Originalmente, el templo tenía un pórtico con dos escaleras y un campanario en forma de tienda. En el siglo XIX, el pórtico fue reemplazado por uno nuevo en estilo clásico en el lado norte, coronado con un pináculo con una cruz. En el lado sur, en el lugar del pórtico, se construyó una pequeña tienda. Durante la restauración de 1970-1975, fue desmantelada, y en el lugar de la abertura se levantaron dos arcos que repiten las formas de la galería occidental. El campanario en forma de tienda estaba sobre una pequeña tienda, de la cual se conservó la parte inferior. Fue desmantelado debido a su deterioro tras la construcción de un nuevo campanario cerca de la iglesia de Fedorovskaya. En los documentos relacionados con la construcción de la iglesia en 1689, hay información sobre el campanario perdido, que podría haber parecido a los campanarios de la iglesia de la Natividad de Juan Bautista 'en el Volga' y de la iglesia de la Presentación del monasterio de Nikolouleyminsky. No se han conservado imágenes del campanario.

En el interior del templo, originalmente había un iconostasio dorado de cinco niveles, sin pinturas. En 1854, se instaló un nuevo iconostasio de tres niveles con detalles dorados y pintura roja bajo laca. Incluyó muchas iconos de los siglos XVII-XVIII. En ese momento, la iglesia fue pintada, y en la parte del templo aparecieron pinturas sobre los milagros de la Icono de Smolensk de la Madre de Dios, que ahora se han perdido. En la capilla de la Elevación, en la bóveda, se representa a la Madre de Dios y el verso 'De Ti se alegra, oh llena de gracia, toda criatura'. La pintura de la parte del templo, compuesta de pequeños paneles en marcos ornamentales, es cercana a la pintura religiosa tradicional de los siglos XVII-XVIII.

En la iglesia de la Icono de Smolensk de la Madre de Dios, actualmente residen hermanas.