L'église de Serge de Radonège avec la salle de repas a été érigée sur le territoire du monastère Ivanovsky Maloy ou Gorny, qui faisait partie du complexe monastique Kirillo-Belozersky. À l'origine, le monastère Ivanovsky était subordonné au monastère de l'Assomption, mais dans la seconde moitié du XVIe siècle, il a acquis une certaine autonomie. Certains chercheurs pensent que l'église a été construite avec les fonds d'Ivan le Terrible et de ses fils. La première mention d'elle se trouve dans l'inventaire monastique de 1601, où il est dit que "dans ce même monastère de Gorny, il y a une église en pierre à deux dômes au nom du vénérable Serge de Radonège, chaude avec une salle de repas".

L'année 1560 est considérée comme l'année de construction de l'église, car c'est à ce moment-là que l'autel de Dionysius Glushitsky, auquel est dédié le chapelle, a été consacré. L'antimension de cet autel est conservé au musée de Kirill. En 1594, une nouvelle consécration des autels de l'église et de la chapelle a eu lieu, liée à l'ajout d'un niveau de cloche, qui se terminait par une série de kokoshniks : quatre sur les façades est et ouest et trois sur les façades sud et nord. L'église était surmontée de deux dômes, l'un au-dessus du temple et l'autre au-dessus de la chapelle.

Entre 1621 et 1635, en raison de la détérioration de l'état du monument, en particulier des murs du temple, les arches de la cloche ont été bouchées, et la cloche a été déplacée vers le porche nord attenant à la salle de repas et sous le mur est. En 1997, à l'occasion du 600e anniversaire du monastère, une partie de son territoire a été transférée à l'administration épiscopale de Vologda. En 1998, l'organisation religieuse orthodoxe Kirillo-Belozersky du monastère masculin épiscopal a été enregistrée.

À ce jour, les églises de Jean-Baptiste et de Serge de Radonège ont été transférées au monastère en activité. Des services religieux sont célébrés dans l'église de Serge de Radonège pendant la période estivale.