La iglesia de San Sergio de Radonezh con sala de refectorio fue construida en el territorio del monasterio Ivanovsky Malo o Gorni, que formaba parte del complejo monástico Kirillo-Belozersky. Originalmente, el monasterio Ivanovsky estaba subordinado al de la Asunción, pero en la segunda mitad del siglo XVI adquirió cierta autonomía. Algunos investigadores creen que la iglesia fue construida con fondos de Iván el Terrible y sus hijos. La primera mención de ella se encuentra en el inventario del monasterio de 1601, donde se dice que "en ese mismo monasterio de Gorni hay una iglesia de piedra de dos cúpulas en honor del venerable Sergio de Radonezh, cálida con refectorio".

El año 1560 se considera el año de construcción de la iglesia, ya que fue entonces cuando se consagró el altar de Dionisio Glushitsky, al que está dedicada la capilla. El antimins de este altar se conserva en el museo de Kirill. En 1594, se realizó una nueva consagración de los altares de la iglesia y la capilla, relacionada con la adición de un nivel de campanas, que se completaba con una serie de kokoshniks: cuatro en las fachadas este y oeste y tres en las sur y norte. La iglesia estaba coronada con dos cúpulas, una de las cuales se encontraba sobre el templo y la otra sobre la capilla.

Durante el período de 1621 a 1635, debido al deterioro del monumento, especialmente de las paredes del templo, los arcos de las campanas fueron cerrados y la campanario trasladado a la pórtico norte adosado al refectorio y bajo la pared este. En 1997, en honor al 600 aniversario del monasterio, parte de su territorio fue transferido a la Administración Diocesana de Vologda. En 1998, se registró la organización religiosa ortodoxa Monasterio masculino Kirillo-Belozersky.

Hoy en día, las iglesias de Juan Bautista y San Sergio de Radonezh han sido entregadas al monasterio en funcionamiento. En la iglesia de San Sergio de Radonezh, los servicios se llevan a cabo en el período de verano.