Le célèbre historien de l'art du Nord russe V. P. Vygolov a utilisé deux documents trouvés par hasard dans les fonds du musée local de Totma pour dater l'église de la Nativité du Christ. Il s'agissait d'un manuscrit de l'historien local et critique d'art D. M. Grigorov "La ville de Totma. Esquisse historique", créé dans les années 1910-1920, et d'un brochure "Note sur les attractions de la ville de Totma et de ses environs", publiée en 1916. En analysant ces sources, Vygolov a établi que l'église a été construite en deux étapes avec un grand intervalle de temps. Le rez-de-chaussée a été érigé entre 1746 et 1748, et l'étage supérieur, entre 1786 et 1793. À cette époque, un clocher a également été construit, qui, malheureusement, n'a pas survécu. Les noms des architectes ayant travaillé sur l'église restent inconnus. Il est intéressant de noter que l'architecte de la partie supérieure du bâtiment a réussi à harmoniser des éléments de différentes époques, et la construction apparaît comme un tout, malgré les différences entre les niveaux. Le nom du commanditaire de l'église est également inconnu, bien qu'il y ait une hypothèse de lien possible avec le marchand Alexeï Neratov, mais cela n'est pas confirmé.

L'église de la Nativité, chef-d'œuvre du baroque de Totma, n'était pas la première église dédiée à cette fête à Totma. On sait qu'au début du XVIIe siècle, il existait déjà une ancienne église de la Nativité, à côté de laquelle se tenait l'église de Nicolas le Miracleux, et elles avaient un clergé commun. Le livre de recensement de 1646 mentionne la reconstruction de l'église de Nicolas : "Dans la même ruelle d'Erzov, l'église est à nouveau construite avec deux chapelles, celle de Nicolas le Miracleux et celle de la grande martyre Parascève, appelée Vendredi". La raison de la construction du nouveau bâtiment n'est pas précisée. Il est également mentionné cinq cellules sur le terrain de l'église, où vivaient des veuves et des anciennes. Le destin ultérieur de ces églises est inconnu, mais on suppose qu'elles ont brûlé lors de l'incendie de 1743. Les églises en bois de la Nativité et de Nicolas ont été recréées dans un seul bâtiment en pierre au XVIIIe siècle. L'autel du rez-de-chaussée a été consacré en l'honneur de la Nativité du Christ, tandis que l'autel supérieur est devenu celui de Nicolas.

L'église de la Nativité du Christ a été fermée dans les années 1930, et le clocher avec l'église de sainte Parascève Vendredi au rez-de-chaussée a été détruit. L'intérieur a été presque entièrement perdu, et le bâtiment a été utilisé à des fins utilitaires.

Dans les années 1990, un renouveau a commencé. En 1995, l'église de la Nativité a été transférée à l'Éparchie de Vologda, et sa restauration a commencé. La consécration de l'église a eu lieu en 1999. Un événement marquant a été le transfert des reliques du saint patron de Totma, le bienheureux Théodose de Soumorine. En 1988, à l'occasion du millénaire du baptême de la Russie, le musée de Vologda a transféré les reliques à l'Éparchie de Vologda. Au début, elles se trouvaient dans l'église Lazare de Vologda, et en 1994, elles ont été solennellement transférées à Totma. Avant la reprise de la vie ecclésiastique de l'église de la Nativité, les reliques se trouvaient dans l'église de la Trinité du faubourg de Zelenskaïa. Jusqu'en septembre 2016, elles étaient dans le rez-de-chaussée de l'église de la Nativité, et le 15 septembre 2016, elles ont été transférées dans le monastère fondé par le bienheureux Théodose de Spaso-Soumorine.