El conocido historiador del arte del Norte de Rusia, V. P. Vygolov, utilizó dos materiales encontrados por casualidad en los fondos del Museo de Historia Local de Totma para datar la iglesia de la Natividad de Cristo. Estos eran un manuscrito del historiador local y crítico de arte D. M. Grigorov titulado "Ciudad de Totma. Esbozo histórico", creado en los años 1910-1920, y un folleto "Recuerdo sobre las atracciones de la ciudad de Totma y sus alrededores", publicado en 1916. Al analizar estas fuentes, Vygolov estableció que la iglesia se construyó en dos etapas con un gran intervalo de tiempo. La planta baja se erigió entre 1746 y 1748, y la superior, entre 1786 y 1793. En ese mismo tiempo se construyó el campanario, que, lamentablemente, no se ha conservado. Los nombres de los arquitectos que trabajaron en la iglesia siguen siendo desconocidos. Es interesante que el arquitecto de la parte superior del edificio logró combinar armónicamente elementos de diferentes épocas, y la construcción se ve unida, a pesar de las diferencias entre los niveles. El nombre del cliente de la iglesia también es desconocido, aunque hay una suposición sobre una posible conexión con el comerciante Alexei Neratov, pero no está confirmada.

La iglesia de la Natividad, una obra maestra del barroco totmense, no fue la primera iglesia con esta dedicación en Totma. Se sabe que a principios del siglo XVII ya existía una antigua iglesia de la Natividad, junto a la cual se encontraba la iglesia de San Nicolás, y ambas tenían un clero común. En el libro de registros de 1646 se menciona la reconstrucción de la iglesia de Nicolás: "En la misma calle Yerzovskaya, la iglesia se vuelve a construir con dos capillas, la de Nicolás el Milagroso y la de la gran mártir Paraskeva, llamada Viernes". No se indica la razón para la construcción del nuevo edificio. También se informa sobre cinco celdas en tierras de la iglesia, donde vivían ancianas y viudas. El destino posterior de estas iglesias es desconocido, pero se supone que se quemaron en el incendio de 1743. Las iglesias de madera de la Natividad y de Nicolás fueron recreadas en un único edificio de piedra en el siglo XVIII. El altar de la planta baja fue consagrado en honor a la Natividad de Cristo, y el altar superior se convirtió en el de Nicolás.

La iglesia de la Natividad de Cristo fue cerrada en los años 30, y el campanario con la iglesia de Santa Paraskeva del nivel inferior fue destruido. La decoración interior se ha perdido casi por completo, y el edificio se utilizó con fines económicos.

En los años 90 comenzó la resurrección. En 1995, la iglesia de la Natividad fue entregada a la diócesis de Vologda, y comenzó su restauración. La consagración de la iglesia tuvo lugar en 1999. Un evento significativo fue el traslado de las reliquias del patrono de Totma, el venerable Feodosio Sumorin. En 1988, con motivo del milenario del Bautismo de Rusia, el museo de Vologda entregó las reliquias a la diócesis de Vologda. Primero estuvieron en la iglesia de Lazarevskoye en Vologda, y en 1994 fueron solemnemente trasladadas a Totma. Antes de la reanudación de la vida eclesiástica de la iglesia de la Natividad, las reliquias se encontraban en la iglesia de la Trinidad de la aldea de Zelenaya. Hasta septiembre de 2016, estaban en el nivel inferior de la iglesia de la Natividad, y el 15 de septiembre de 2016 fueron trasladadas al monasterio fundado por el venerable Feodosio Spaso-Sumorin.