Der bekannte Kunsthistoriker des Russischen Nordens V. P. Vygolov nutzte zwei zufällig in den Beständen des Totma Heimatmuseums gefundene Materialien zur Datierung der Kirche der Geburt Christi. Es handelte sich um die Handschrift des lokalen Historikers und Kunstwissenschaftlers D. M. Grigorov "Stadt Totma. Historischer Aufsatz", die in den 1910er-1920er Jahren erstellt wurde, und das Faltblatt "Merkblatt über die Sehenswürdigkeiten der Stadt Totma und ihrer Umgebung", das 1916 veröffentlicht wurde. Durch die Analyse dieser Quellen stellte Vygolov fest, dass die Kirche in zwei Etappen mit großem zeitlichen Abstand erbaut wurde. Das Untergeschoss wurde in den Jahren 1746-1748 errichtet, das obere in den Jahren 1786-1793. In dieser Zeit wurde auch der Glockenturm gebaut, der leider nicht erhalten geblieben ist. Die Namen der Architekten, die an der Kirche arbeiteten, sind unbekannt. Interessant ist, dass der Architekt des oberen Teils des Gebäudes es schaffte, zeitlich unterschiedliche Elemente harmonisch zu verbinden, sodass das Bauwerk trotz der Unterschiede zwischen den Geschossen einheitlich wirkt. Der Name des Auftraggebers der Kirche ist ebenfalls unbekannt, obwohl es Vermutungen über eine mögliche Verbindung zum Kaufmann Alexei Neratov gibt, die jedoch nicht bestätigt ist.

Die Weihnachtskirche, ein Meisterwerk des Totma Barock, war nicht die erste Kirche mit dieser Widmung in Totma. Es ist bekannt, dass zu Beginn des 17. Jahrhunderts bereits eine uralte Weihnachtskirche existierte, neben der die Kirche des heiligen Nikolaus stand, und sie hatten einen gemeinsamen Klerus. Im Steuerbuch von 1646 wird der Umbau der Nikolauskirche erwähnt: "In demselben Jerzowski-Gässchen wird die Kirche erneut mit zwei Altären errichtet, des heiligen Nikolaus des Wundertäters und der großen Märtyrerin Paraskeva, genannt Freitag." Der Grund für den Bau des neuen Gebäudes wird nicht angegeben. Es wird auch von fünf Zellen auf dem Kirchenland berichtet, in denen die alten Frauen und Witwen lebten. Das weitere Schicksal dieser Kirchen ist unbekannt, es wird jedoch vermutet, dass sie im Brand von 1743 verbrannten. Die hölzernen Weihnachts- und Nikolauskirchen wurden im 18. Jahrhundert in einem einheitlichen Steingebäude wiederhergestellt. Der Altar des Untergeschosses wurde zu Ehren der Geburt Christi geweiht, während der obere Altar Nikolaus geweiht wurde.

Die Kirche der Geburt Christi wurde in den 1930er Jahren geschlossen, und der Glockenturm mit der Kirche der heiligen Paraskeva Freitag im unteren Geschoss wurde zerstört. Die Innenausstattung ist fast vollständig verloren gegangen, und das Gebäude wurde für wirtschaftliche Zwecke genutzt.

In den 1990er Jahren begann die Wiederbelebung. 1995 wurde die Weihnachtskirche der Wologda Diözese übergeben, und ihre Restaurierung begann. Die Weihe der Kirche fand 1999 statt. Ein bedeutendes Ereignis war die Überführung der Reliquien des Schutzpatrons von Totma, des heiligen Theodosios von Sumorin. Im Jahr 1988, zum 1000-jährigen Jubiläum der Taufe Russlands, übergab das Wologda Museum die Reliquien der Wologda Diözese. Zunächst befanden sie sich in der Lazarus-Kirche in Wologda, und 1994 wurden sie feierlich nach Totma übertragen. Bis zur Wiederbelebung des kirchlichen Lebens der Weihnachtskirche befanden sich die Reliquien in der Dreifaltigkeitskirche des Grünen Viertels. Bis September 2016 waren sie im unteren Geschoss der Weihnachtskirche, und am 15. September 2016 wurden sie in das von dem heiligen Theodosios gegründete Spaso-Sumorin Kloster übertragen.