Le 18 mai 1820, la construction de l'église de la Protection a commencé, lorsque les premières pierres de ses fondations ont été posées. Dès 1821, l'édification de l'église d'hiver à coupole unique était achevée. À partir de 1827, le temple a été décoré par Timofeï Medvedev. Le 21 juillet 1828, l'Archevêque de Yaroslavl et de Rostov, Avraamiy, a consacré l'église en l'honneur de la Protection de la Sainte Vierge. La même année, une cloche de 60 mètres de haut à quatre niveaux a été construite au-dessus des Portes Saintes, adjacentes à l'église.

En juillet 1918, lors de la répression de l'insurrection des blancs à Yaroslavl, la cloche a été détruite par le feu de l'artillerie. Après la fermeture du monastère, le temple de la Protection a continué à fonctionner comme église paroissiale pendant trois ans. En septembre 1921, le temple a été fermé, et le chœur, les icônes, les trois autels et les trois autels ont été détruits. À l'époque soviétique, le bâtiment du temple a abrité une bibliothèque, un planétarium et un collège secondaire « Collège provincial ».

En mai 2011, le bâtiment a été restitué à la communauté. En juillet de la même année, d'importants travaux de rénovation ont commencé, incluant le démontage des structures en béton armé du dôme, des murs et des plafonds. Au cours des travaux, des fresques de la fin du XIXe siècle, miraculeusement préservées, ont été découvertes.

Les 13 et 14 octobre 2012, la veillée et la Divine Liturgie ont eu lieu pour la première fois dans l'église de la Protection de la Sainte Vierge. En 2016, des portes royales sculptées ont été fabriquées pour le chœur de l'église, et en 2017, la création de détails sculptés pour le chœur lui-même a commencé.