L'histoire de l'église de la Protection commence avec la demande d'un habitant d'Irkoutsk, Ermolai Lychakov, adressée en septembre 1823 à l'Évêque d'Irkoutsk, Mikhaïl. Lychakov demandait la permission de transformer sa maison en église, avec l'ajout d'un autel, d'un porche et d'un clocher au nom de la Protection de la Sainte Vierge et d'une chapelle dédiée au Saint Martyr Ermolai, à ses frais.

Le projet du bâtiment de l'église a été élaboré par l'architecte municipal V. Bronnikov. Cependant, des modifications ont eu lieu de mars à septembre 1826, et en septembre de la même année, les chapelles de Sretensky et de Pokrovsky étaient prêtes pour la consécration. Le 1er octobre 1826, l'église a été consacrée au nom de la Rencontre du Seigneur et de la chapelle de la Protection de la Sainte Vierge par le protoïérei Nikifor Parnyakov en présence de l'Évêque Mikhaïl. Cependant, l'église est restée sans services réguliers, ce qui a suscité l'incompréhension des habitants locaux. À partir du 26 mars 1827, le prêtre était Andreï Shastin.

En avril 1828, le temple au nom du Saint Martyr Ermolai était achevé et prêt pour la consécration, qui a eu lieu le 7 mai 1828. Le premier registre paroissial de 1832 mentionne 43 foyers dans la paroisse, où vivaient 244 hommes et 189 femmes. En 1838, le nom du chef de la paroisse Ivan Alexeev Lychakov, parent d'E. Lychakov, est mentionné pour la première fois.

De 1840 à 1843, la construction d'un porche en pierre a été réalisée, achevée en septembre 1843. Les documents de 1844-1846 sont absents, mais en 1847, une maison en bois à deux étages a été acquise pour les prêtres. La même année, le prêtre Vladimir Nikolsky est décédé, probablement enterré dans l'enceinte de l'église. Le 8 septembre 1847, le temple a été réconsacré.

Le registre paroissial de 1857 mentionne pour la première fois un porche en bois près de l'église supérieure. Le 8 janvier 1859, une nouvelle cloche, offerte par Khrysanth Bryansky, a été hissée au clocher. En 1871, l'église a été entourée d'une clôture en bois, et en 1875, une maison pour le prêtre a été achetée grâce à un don du marchand Pavel Andreyevich Ponomaryov.

Pavel Andreyevich Ponomaryov, souffrant d'une détérioration de sa santé, est décédé en 1883. Ses restes ont été temporairement placés dans un caveau à Saint-Pétersbourg, puis en 1890, ils ont été transférés dans sa patrie et enterrés près de l'autel de l'église de la Protection. En son honneur, des écoles élémentaires ont été ouvertes à Irkoutsk.

Après 1917, après le saccage du monastère de Znamensky, des religieuses ont été transférées à l'église de la Protection. Une base de bus s'est installée à proximité de l'église, cherchant à occuper ses locaux. Le temple avait besoin de réparations, mais il a été fermé en avril 1934 et utilisé comme ateliers d'une entreprise de réparation automobile. La pierre tombale de Ponomaryov a été détruite.

Depuis octobre 2007, le prêtre Valery Nekrasov est le recteur du temple. Le premier service a eu lieu en 2008 à Pâques. En 2011, le père Valery a été récompensé du titre de protoïérei. L'église compte trois autels : de la Rencontre du Seigneur, de la Protection de la Vierge et du Saint Martyr Ermolai.