La historia de la iglesia de la Protección comienza con la solicitud del comerciante irkutense Ermolai Lyachagov, presentada en septiembre de 1823 al obispo de Irkutsk, Mijaíl. Lyachagov pidió permiso para reconstruir su casa en una iglesia, añadiendo un altar, un pórtico y un campanario en nombre de la Protección de la Santísima Virgen y un altar en honor del Santo Mártir Ermolai, a su propio costo.

El proyecto del edificio de la iglesia fue desarrollado por el arquitecto municipal V. Bronnikov. Sin embargo, de marzo a septiembre de 1826 se produjeron cambios, y en septiembre de ese mismo año se preparaban para la consagración de los altares de Sretenie y Pokrovsky. El 1 de octubre de 1826, la iglesia fue consagrada en nombre de la Presentación del Señor y el altar de la Protección de la Santísima Virgen por el protoiereo Nikifor Parnyakov en presencia del obispo Mijaíl. Sin embargo, la iglesia permaneció sin servicios regulares, lo que causó desconcierto entre los habitantes locales. Desde el 26 de marzo de 1827, el sacerdote fue Andrey Shastin.

Para abril de 1828, el templo en honor del Santo Mártir Ermolai fue completado y listo para la consagración, que tuvo lugar el 7 de mayo de 1828. El primer registro de la parroquia de 1832 menciona 43 casas en la parroquia, donde vivían 244 hombres y 189 mujeres. En 1838 se menciona por primera vez el nombre del anciano Iván Alexéyev Lyachagov, pariente de E. Lyachagov.

De 1840 a 1843 se construyó un pórtico de piedra, que se completó en septiembre de 1843. No hay documentos de 1844-1846, pero en 1847 se adquirió una casa de madera de dos pisos para los clérigos. Ese mismo año, murió el sacerdote Vladímir Nikolsky, posiblemente enterrado en el recinto de la iglesia. El 8 de septiembre de 1847, el templo fue reconsagrado.

El registro de la parroquia de 1857 menciona por primera vez un pórtico de madera en la iglesia superior. El 8 de enero de 1859, se levantó una nueva campana en el campanario, donada por Jrisanfo Bryanski. En 1871, la iglesia fue rodeada por una cerca de madera, y en 1875 se compró una casa para el sacerdote gracias a la donación del comerciante Pavel Andreyevich Ponomaryov.

Pavel Andreyevich Ponomaryov, sufriendo de problemas de salud, murió en 1883. Sus restos fueron temporalmente colocados en un mausoleo en San Petersburgo, y en 1890 fueron trasladados a su tierra natal y enterrados junto al altar de la iglesia de la Protección. En su honor, se abrieron escuelas primarias en Irkutsk.

Después de 1917, tras la devastación del monasterio de Znamensky, se trasladaron monjas a la iglesia de la Protección. Cerca de la iglesia se estableció una base de autobuses, que intentaba ocupar sus instalaciones. El templo necesitaba reparaciones, pero fue cerrado en abril de 1934 y utilizado como talleres de una empresa de reparación de automóviles. La lápida de Ponomaryov fue destruida.

Desde octubre de 2007, el sacerdote Valery Nekrasov es el rector del templo. El primer servicio se celebró en 2008 durante la Pascua. En 2011, el padre Valery fue galardonado con el título de protoiereo. En la iglesia hay tres altares: la Presentación del Señor, la Protección de la Virgen y el Santo Mártir Ermolai.