L'église de la Protection à Torg a été construite à l'emplacement d'une église plus ancienne dédiée à Joachim et Anne. La construction de l'église de Joachim et Anne est liée aux visites du tsar Ivan le Terrible à Vologda. Sa première visite dans la ville date de 1545. En 1549, une fille, Anna, est née de Grozny, et en l'honneur de cet événement, un temple dédié à Joachim et Anne a été fondé au monastère Novodievitchi. L'église en bois de Vologda de Joachim et Anne est devenue, dans les années 1560, le temple de la cour au palais en bois d'Ivan le Terrible. Après l'incendie de 1605, l'église a été restaurée et a reçu le nom de Joachim et Anne au Seigneur dans les couloirs, et en 1627, Joachim et Anne à la Vieille cour du tsar. Architectoniquement, l'église de la seconde moitié du XVIIe siècle appartenait au type des églises en bois.

Après l'incendie de 1679, l'église a été restaurée avec un autel principal en l'honneur de la Protection de la Vierge et une chapelle de Joachim et Anne. L'église en bois, probablement reconstruite après l'incendie de 1698, a tenu jusqu'aux années 1780. Le chef Kirill Poyarkov et les paroissiens ont obtenu la permission de l'archevêque Irénée pour construire une église en pierre. Il est connu que pendant la construction, l'église en bois a été déplacée sans interruption des services. Après l'achèvement de la construction de l'église en pierre, l'ancienne a été démontée pour le bois de chauffage.

Il existe des mentions de l'église de la Protection à Vologda à la fin du XVe siècle, et les chroniques rapportent qu'elle a brûlé en 1486. Cependant, il n'y a pas de données précises sur le lien entre cette église et l'église de la Protection à Torg. Une confirmation indirecte de l'origine plus ancienne de l'église de la Protection pourrait être l'existence au début du XVIIe siècle de la rue de la Protection, où se trouvaient le palais du tsar et l'église de Joachim et Anne.

L'église en pierre avec un autel principal en l'honneur de la Protection de la Vierge et des chapelles de Macaire d'Unjensk et de Joachim et Anne a été construite entre 1778 et 1780. Depuis 1832, le temple est devenu d'été, froid, et a intégré la paroisse de la Protection de Kazan, formée après la fusion avec l'église de Kazan sur le marais.

Au milieu des années 1920, l'église a été fermée et transférée à l'archive régionale, malgré le respect des conditions strictes imposées par le pouvoir soviétique aux églises. La fermeture du temple, qui abritait deux communautés paroissiales, la Protection de Kazan et la communauté de Nicolas de Sennoplocha, a suscité une forte protestation des paroissiens. Les services religieux ont repris en 1992, et en 1995, une école du dimanche a été ouverte au sein du temple.