La iglesia de la Protección en el Torg fue construida en el lugar de una iglesia más antigua de Joaquín y Ana. La construcción de la iglesia de Joaquín y Ana está relacionada con las visitas a Vologda del zar Iván el Terrible. Su primera visita a la ciudad data de 1545. En 1549, nació la hija de Iván, Ana, y en honor a este evento se fundó en el monasterio Novodévichi un templo dedicado a Joaquín y Ana. La iglesia de madera de Vologda de Joaquín y Ana se convirtió en la iglesia doméstica del palacio de madera de Iván el Terrible en la década de 1560. Después del incendio de 1605, la iglesia fue restaurada y recibió el nombre de Joaquín y Ana del Soberano en el vestíbulo, y en 1627, Joaquín y Ana en el Viejo patio del soberano. Arquitectónicamente, la iglesia de la segunda mitad del siglo XVII pertenecía al tipo de templos de celda.

Después del incendio de 1679, la iglesia fue restaurada con el altar principal en honor a la Protección de la Santísima Virgen y la capilla de Joaquín y Ana. La cálida iglesia de madera, probablemente reconstruida después del incendio de 1698, permaneció en pie hasta la década de 1780. El anciano Kirill Poyarkov y los feligreses recibieron permiso del arzobispo Irineo para construir un templo de piedra. Se sabe que durante la construcción, la iglesia de madera fue trasladada sin interrumpir los servicios. Después de completar la construcción de la iglesia de piedra, la antigua fue desmantelada para leña.

Existen menciones de la iglesia de la Protección en Vologda a finales del siglo XV, y las crónicas dicen que se quemó en 1486. Sin embargo, no hay datos precisos sobre la conexión de esta iglesia con la iglesia de la Protección en el Torg. Una confirmación indirecta de un origen más antiguo de la iglesia de la Protección puede ser la existencia a principios del siglo XVII de la calle de la Protección, donde se encontraban el patio del soberano y la iglesia de Joaquín y Ana.

El templo de piedra con el altar principal en honor a la Protección de la Santísima Virgen y las capillas de Macario de Unzhensky y Joaquín y Ana fue construido entre 1778 y 1780. Desde 1832, el templo se convirtió en de verano, frío, y pasó a formar parte de la parroquia de la Protección y Kazán, creada tras la unión con la iglesia de Kazán en el Pantano.

A mediados de la década de 1920, la iglesia fue cerrada y transferida al archivo regional, a pesar de cumplir con estrictas condiciones impuestas por el gobierno soviético para las iglesias. El cierre del templo, que albergaba dos comunidades parroquiales, la de la Protección y Kazán y la de Nicolás de la Plaza de los Senos, provocó una fuerte protesta de los feligreses. Los servicios religiosos se reanudaron en 1992, y en 1995 se abrió una escuela dominical en el templo.