L'église de Kopnino existait déjà au milieu du XVIe siècle. Dans un extrait de 1563, il est mentionné : « Dans le village, l'église de Nicolas le Miracleux ». Dans les livres de recensement de 1593, l'église portant le même nom est également indiquée, mais elle n'était pas encore consacrée. Il s'agissait probablement d'une nouvelle construction, où servait le prêtre Vajen, ainsi qu'une prosfornitsa et des mendiants recevant de l'aide de l'église. Les terres de l'église comprenaient 10 quartiers de terre arable et 100 bottes de foin. Trente-cinq ans plus tard, la population de la seigneurie de Kopnino avait considérablement diminué, probablement en raison de la destruction lituanienne. Selon les livres de recensement de 1628-1629, il y avait une cour monastique dans le village de Kopnino, 7 cours pour les terres arables du monastère et 2 cours de paysans sans terre. Dans le village de Svechina, il y avait 14 cours de pêcheurs monastiques, et dans le village de Jeltikovo, 5 cours de paysans. Dans le village de Merinovo, il y avait 2 cours de paysans, 2 de sans-terre et 1 vide, tandis que le village d'Izmaïlovo était considéré comme une friche. Dans les livres de recensement de 1678, Kopnino est mentionné comme un hameau du village de Khoupani, et toute la seigneurie de Kopnino a été recensée avec celle de Khoupani. Tous les villages mentionnés, y compris le nouvellement peuplé Izmaïlovo, comptaient 169 cours de paysans et 10 de sans-terre, avec une population de 604 hommes. Au XVIIIe siècle, les paysans du village de Kopnino et des villages environnants exécutaient des corvées pour le monastère de la Trinité-Sergueï, avec les paysans du village de Khoupani. Depuis 1764, ils sont devenus des paysans d'État.

Dans les livres de recensement de 1628-1629, il est dit de l'église de Kopnino : « Dans le village, l'église de Nicolas le Miracleux est en bois, et dans l'église, il y a un déisis, des portes royales, des icônes locales, des ornements, des livres et tout le patrimoine ecclésiastique du monastère. Le prêtre André, le diacre Fedka et le psalmiste Yakimko servent à l'église. Les terres de l'église cultivées sont de 2 quartiers dans le champ, 8 quartiers sont boisés, et 100 bottes de foin ». Les inscriptions sur les livres conservés dans l'église témoignent que l'église au nom de Nicolas le Miracleux existait à Kopnino en 1684.

En 1711, il y avait 62 cours paroissiales près de l'église, et en 1746, elle était soumise à un impôt de 3 roubles et 28 kopecks. En 1775, l'église a brûlé, mais la même année, avec la bénédiction de l'évêque de Pereslavl, Antoniy, une nouvelle église en bois a été construite au nom de Nicolas le Miracleux. Gavriil Ivanovitch Tsvetkov, diplômé de la section théologique du séminaire spirituel de Vladimir en 1804, a été nommé prêtre du village de Kopnino dans le district de Pereslavl et est décédé en 1837.

En 1815, au lieu de l'église en bois, les paroissiens ont érigé un temple en pierre avec un clocher, qui existe encore aujourd'hui. Il a trois autels : dans le temple froid, celui de Saint Nicolas le Miracleux, et dans les chapelles chaudes, celui de Saint Serge de Radonège et de l'icône de la Mère de Dieu de Kazan. L'église était bien fournie en ustensiles, en ornements, en icônes saintes et en livres liturgiques. L'autel du temple principal était décoré de planches en cuivre doré avec des images sacrées en relief. Parmi les icônes, l'icône de la Mère de Dieu de Smolensk, l'icône de la Mère de Dieu « Réconfort de tous ceux qui souffrent » et celle de Saint Nicolas le Miracleux étaient particulièrement vénérées par les paroissiens.