La grande église à cinq coupoles a été construite par les architectes A.F. Meissner et A.A. Nikiforov en 1894 et 1897 comme temple principal de la ville clinique de l'Université de Moscou à Devichye Pole. Le professeur A.M. Makeev, qui dirigeait la clinique obstétricale, est devenu le donateur de l'église.

La consécration de l'église a marqué l'achèvement de la construction de la ville clinique. Elle est devenue la maison de toutes les cliniques de Devichye Pole, et ses paroissiens étaient des médecins, du personnel, des patients et des étudiants. L'église a souvent été le lieu de baptême des nouveau-nés nés à la clinique obstétricale.

L'église est située à l'intersection des rues Pogodinskaya et Elanskogo, ouvrant sur l'Allée de la Vie, formée par les bâtiments de la ville clinique.

A.M. Makeev, un homme profondément croyant, a conçu la construction d'une église hospitalière au nom de l'archange Michel, le patron de son frère. En plus d'un don unique pour la construction, il a financé son aménagement et son entretien. Au cours de la construction, un autre don a été fait par une employée de la clinique obstétricale, E.V. Solovyova.

L'église appartenait à l'université et était considérée comme l'une des meilleures de Moscou.

En 1911, des chapelles de saint Alexandre Nevski et de sainte Catherine martyre ont été ajoutées en l'honneur du principal donateur et de sa sœur.

Pendant la Première Guerre mondiale, la ville clinique est devenue un hôpital, et les prêtres de l'église ont pris soin de nombreux soldats blessés. Cela a continué jusqu'à la révolution de 1917.

En 1918, le temple est devenu une église paroissiale ordinaire, et ses biens ont été déclarés « patrimoine populaire ». En 1922, les biens ont été confisqués, y compris plus d'un pood d'objets précieux et le suaire.

En 1931, le temple a été fermé pour organiser un club de travailleurs de l'usine « Caoutchouc ».

Le bâtiment a abrité à différents moments une « culture et éducation », une salle de sport, une pharmacie, un entrepôt, un musée de l'institut. Les têtes et le clocher ont été démolis, de nouvelles fenêtres ont été percées, la décoration intérieure a été détruite, des cloisons ont été aménagées.

En 1976, à l'initiative du 1er Institut médical de Moscou nommé d'après I.M. Sechenov, le bâtiment était prévu pour être démoli. Il a été sauvé par le célèbre restaurateur P.D. Baranovsky, mais un tiers du temple avait déjà été détruit. Le temple à moitié détruit est resté jusqu'aux années 1990, lorsque des fonds ont été trouvés pour sa restauration.

À l'initiative du recteur de l'Académie médicale M.A. Paltsev, les deux bâtiments des anciens temples cliniques ont été transférés à l'Église orthodoxe russe.

La grande consécration du temple a eu lieu le 19 septembre 2002, le jour de la mémoire du miracle de l'archistratège Michel à Chonakh. La consécration a été réalisée par le Patriarche de Moscou et de toute la Russie Alexis II.

L'icône du temple de l'archange Michel, ornée de croix, a été apportée de l'église de Nicolas le Miracleux à Khamovniki. L'église abrite également des icônes rares : l'image de la Mère de Dieu « Aide à l'accouchement », « Guérisseuse » et l'icône de la grande martyre Catherine, patronne des enfants et aide à l'accouchement. Des morceaux des reliques des grands martyrs Panteleimon et Théodore Tiron y sont également présents.