La gran iglesia de cinco cúpulas fue construida por los arquitectos A.F. Meisner y A.A. Nikiforov en 1894 y 1897 como el templo principal del Complejo Clínico de la Universidad de Moscú en el Campo de las Doncellas. El profesor A.M. Makeev, que dirigía la Clínica de Obstetricia, fue el donante del templo.

La consagración de la iglesia marcó la finalización de la construcción del complejo clínico. Se convirtió en el hogar de todas las clínicas en el Campo de las Doncellas, y sus feligreses eran médicos, personal, pacientes y estudiantes. En el templo se bautizaba a menudo a los bebés nacidos en la Clínica de Obstetricia.

La iglesia está situada en la intersección de las calles Pogodinskaya y Elanskogo, abriendo la Avenida de la Vida, formada por los edificios del Complejo Clínico.

A.M. Makeev, un hombre profundamente creyente, concibió la idea de construir una iglesia hospitalaria en honor al arcángel Miguel, protector de su hermano. Además de una donación única para la construcción, financió su equipamiento y mantenimiento. Durante la construcción, se recibió otra donación de la empleada de la clínica obstétrica E.V. Solovyova.

La iglesia pertenecía a la universidad y se consideraba una de las mejores de Moscú.

En 1911 se añadieron las capillas de San Alejandro Nevski y de la mártir Catalina en honor al principal donante y su hermana.

Durante la Primera Guerra Mundial, el complejo clínico se convirtió en un hospital, y los sacerdotes de la iglesia cuidaron de muchos soldados heridos. Esto continuó hasta la revolución de 1917.

En 1918, el templo se convirtió en una parroquia ordinaria, y su propiedad fue declarada "patrimonio del pueblo". En 1922, se confiscó la propiedad, incluyendo más de un pud de objetos preciosos y la sábana santa.

En 1931, el templo fue cerrado para organizar un club de trabajadores de la fábrica "Caucho".

En el edificio se alojaron en diferentes momentos una "cultura y educación", un gimnasio, una farmacia, un almacén y un museo institucional. Las cúpulas y el campanario fueron demolidos, se abrieron nuevas ventanas, se destruyó el acabado interior y se instalaron tabiques.

En 1976, por iniciativa del 1er Instituto Médico de Moscú I.M. Sechenov, se planeó demoler el edificio. Fue salvado por el conocido restaurador P.D. Baranovsky, pero para entonces ya se había destruido un tercio del templo. La iglesia medio destruida permaneció en pie hasta la década de 1990, cuando se encontraron fondos para su restauración.

Por iniciativa del rector de la Academia Médica M.A. Paltsev, ambos edificios de los antiguos templos clínicos fueron entregados a la Iglesia Ortodoxa Rusa.

La gran consagración del templo tuvo lugar el 19 de septiembre de 2002, en el día de la memoria del milagro del arcángel Miguel en Joneh. La consagración fue realizada por el Patriarca de Moscú y de toda Rusia, Alexio II.

El ícono del templo del arcángel Miguel, adornado con cruces, fue traído de la iglesia de San Nicolás el Milagroso en Khamovniki. En la iglesia también se conservan íconos raros: la imagen de la Madre de Dios "Ayudante en el parto", "Sanadora" y el ícono de la gran mártir Catalina, patrona de los niños y ayudante en el parto. Aquí se encuentran partes de las reliquias de los grandes mártires Pantaleón y Teodoro Tiro.