L'église de Jean Baptiste, construite en 1683, est considérée comme l'une des plus parfaites constructions du Kremlin de Rostov. Ce temple sur la porte rappelle l'église de la Résurrection : il se dresse également sur un haut soubassement et possède des tours rondes en saillie. Cependant, sa partie principale s'élève vers le haut, ce qui confère à l'édifice légèreté et élégance, soulignées par des tambours allongés. Les absides de l'église présentent une légère courbure, caractéristique des églises de Rostov. La façade ouest et les portes donnant sur la route de Moscou sont richement décorées.

Les fresques de l'église illustrent des scènes de la vie de Jean Baptiste et d'Abraham de Rostov, un saint qui, selon les chroniques, fut l'un des premiers prédicateurs du christianisme à Rostov. Le niveau inférieur des peintures murales est particulièrement intéressant, montrant la rencontre d'Abraham avec Jean et la lutte contre les idolâtres. Ces fresques reflètent les conceptions de l'artiste sur l'ancienne terre de Rostov. Sur la scène de la rencontre sur le mur ouest, Rostov est représenté, entouré d'un mur d'enceinte avec une tour, à côté, la scène de la destruction de l'idole Veles sur fond de la ville.

Un peu en retrait de la tour latérale, sur le mur, comme à l'église de la Résurrection, se dresse une petite cloche en forme de tente, rappelant la petite tour royale sur le mur du Kremlin à Moscou.

L'église de Jean Baptiste dans la Maison archiépiscopale de Rostov, aujourd'hui connue sous le nom de Kremlin de Rostov, a été construite au début des années 1680 à la demande du métropolite Ionas Sysoevich, un éminent personnage ecclésiastique du XVIIe siècle et compagnon du patriarche Nikon. La construction au-dessus des portes d'entrée ouest du Kremlin a achevé la formation de l'ensemble du Kremlin. L'intérieur conserve une peinture murale, dont l'achèvement en 1683 est mentionné par une inscription sur le mur est. En plus des sujets traditionnels, la peinture murale comprend des cycles de la vie de l'apôtre Jean Baptiste et du saint Abraham de Rostov, l'un des premiers éclairés de la terre de Rostov.

Dans le temple, il y a un autel, dédié à Jean Baptiste. L'église, un temple à cinq coupoles avec une coupole lumineuse et quatre coupoles décoratives, possède un autel en trois parties et un soubassement à deux niveaux. Elle se dresse au-dessus des portes avec un passage en angle et est entourée de galeries sur trois côtés, devant les portes du côté de la ville se trouvent deux tours rondes.

L'église a brûlé deux fois, et à la fin du XVIIIe siècle, les services religieux ont cessé, et les caves ont été transformées en entrepôts. Au début du XIXe siècle, le temple était très délabré, et il était prévu de le démolir pour utiliser les briques dans une nouvelle église. Cependant, la société urbaine de Rostov a défendu les anciennes constructions, mais leur restauration n'a commencé qu'au cours de la seconde moitié du XIXe siècle. À ce moment-là, le temple était déjà sans toit depuis 30 ans, avec des voûtes détruites et des vitres brisées. Après la révolution, l'église a été fermée et n'était montrée aux visiteurs du Kremlin que de l'extérieur. Un tournant est survenu en 1953, lorsque une forte tornade a gravement endommagé le bâtiment, après quoi il a été complètement restauré. À ce moment-là, les portes ouest sont devenues l'entrée principale.