La iglesia de San Juan Evangelista, construida en 1683, se considera una de las edificaciones más perfectas del Kremlin de Rostov. Este templo de entrada recuerda a la iglesia de la Resurrección: también se encuentra sobre un alto podio y tiene torres redondas que sobresalen hacia adelante. Sin embargo, su parte principal se alza hacia arriba, lo que le confiere al edificio ligereza y elegancia, acentuadas por los tambores alargados. Las ábsides de la iglesia tienen una ligera curvatura, característica de los templos de Rostov. La fachada occidental y las puertas que dan a la carretera de Moscú están ricamente decoradas.

Las frescos de la iglesia representan escenas de la vida de San Juan Evangelista y de San Abraham de Rostov, un santo que, según las crónicas, fue uno de los primeros predicadores del cristianismo en Rostov. Especialmente interesante es el nivel inferior de las pinturas, donde se muestra el encuentro de Abraham con Juan y la lucha contra los idólatras. En estas frescos se reflejan las ideas del artista sobre la antigua tierra de Rostov. En la escena del encuentro en la pared occidental se representa a Rostov, rodeado por una muralla con una torre, junto a la escena de la destrucción del ídolo Veles contra el fondo de la ciudad.

Un poco alejada de la torre lateral, en la pared, al igual que en la iglesia de la Resurrección, se ha instalado una pequeña campanario de cúpula, que recuerda a la torre real en la muralla del Kremlin de Moscú.

La iglesia de San Juan Evangelista en la Casa Arzobispal de Rostov, hoy conocida como el Kremlin de Rostov, fue construida a principios de la década de 1680 por encargo del metropolitano Ionas Sysoevich, un destacado líder eclesiástico del siglo XVII y colaborador del patriarca Nikon. La construcción sobre las puertas de entrada occidentales del Kremlin completó la formación del conjunto del Kremlin. En el interior se ha conservado la pintura mural, cuya finalización en 1683 se menciona en una inscripción en la pared oriental. Además de los temas tradicionales, la pintura mural incluye ciclos de la vida del apóstol San Juan Evangelista y del santo Abraham de Rostov, uno de los primeros iluminadores de la tierra de Rostov.

En el templo hay un altar, dedicado a San Juan Evangelista. La iglesia, un templo de cinco cúpulas con una cúpula iluminada y cuatro decorativas, tiene un altar de tres partes y un podio de dos niveles. Se encuentra sobre las puertas con un paso en ángulo y está rodeada por galerías en tres lados, frente a las puertas desde la ciudad hay dos torres redondas.

La iglesia ha sido incendiada dos veces, y a finales del siglo XVIII se interrumpieron los servicios religiosos, y en las criptas se establecieron almacenes. Para principios del siglo XIX, el templo estaba muy deteriorado, y se planeaba desmantelarlo para usar los ladrillos en una nueva iglesia. Sin embargo, la sociedad de la ciudad de Rostov defendió las antiguas construcciones, pero su restauración no comenzó hasta la segunda mitad del siglo XIX. Para entonces, el templo ya llevaba 30 años sin techo, con bóvedas destruidas y vidrios rotos. Después de la revolución, la iglesia fue cerrada y solo se mostraba a los visitantes del Kremlin desde el exterior. El punto de inflexión llegó en 1953, cuando un fuerte tornado dañó significativamente el edificio, tras lo cual fue restaurado de manera integral. En ese momento, las puertas occidentales se convirtieron en la entrada principal.